Error analysis of idealized nanopore sequencing.
Error analysis of idealized nanopore sequencing.
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DOI：
10.1002/elps.201300174
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发表时间：
2013-08
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Dunbar, William B.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
O'Donnell, Christopher R.;Wang, Hongyun;Dunbar, William B.
该数值研究提供了理想化纳米孔测序方法的误差分析，其中离子电流测量用于对孔中的完整单链DNA进行测序，而酶控制DNA运动。详细说明了当一个以上的核苷酸影响当前幅度时系统通道错误的示例，如果存在，则无论覆盖范围如何都将持续存在。如果没有这样的错误，与通过同聚物区域的跟踪相关的随机错误显示为需要阅读已知序列（E. coli K-12）至少140次，以达到99.99%的准确度（Q40）。通过利用在阵列中的每个孔处重读每条链的能力，如果不存在系统误差，则在误差率与通量权衡曲线上的任意定位是可能的，其中通量由阵列中的孔的数量和酶周转率控制。
This numerical study provides an error analysis of an idealized nanopore sequencing method in which ionic current measurements are used to sequence intact single-stranded DNA in the pore, while an enzyme controls DNA motion. Examples of systematic channel errors when more than one nucleotide affects the current amplitude are detailed, which if present will persist regardless of coverage. Absent such errors, random errors associated with tracking through homopolymer regions are shown to necessitate reading known sequences (E. coli K-12) at least 140 times to achieve 99.99% accuracy (Q40). By exploiting the ability to reread each strand at each pore in an array, arbitrary positioning on an error rate vs. throughput tradeoff curve is possible if systematic errors are absent, with throughput governed by the number of pores in the array and the enzyme turnover rate.
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