Comparative analysis of human gut microbiota by barcoded pyrosequencing.
Comparative analysis of human gut microbiota by barcoded pyrosequencing.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0002836
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发表时间：
2008-07-30
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Engstrand, Lars
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andersson, Anders F.;Lindberg, Mathilda;Jakobsson, Hedvig;Backhed, Fredrik;Nyren, Pal;Engstrand, Lars
人类拥有复杂的微生物群落，这些微生物群落被认为有助于健康维持，并且在失衡时会导致疾病的发展。因此，确定患者和健康对照中的微生物组成可能会提供新颖的治疗靶标。为此，需要用于菌群表征的高通量，具有成本效益的方法。我们已经使用了16S rRNA基因的超变量区域的454-铜钉测序与样品特异性条形码序列结合使用，该序列可以对数百种样品进行有限的样品进行并行的深入分析。在计算机建模中，该方法正确地描述了微生物群落，直到属水平以下的系统型。在这里，我们应用了该技术来分析喉咙，胃和粪便样品中的微生物群落。我们的结果证明了条形码焦磷酸测序作为比较微生物生态学的高通量方法的适用性。
Humans host complex microbial communities believed to contribute to health maintenance and, when in imbalance, to the development of diseases. Determining the microbial composition in patients and healthy controls may thus provide novel therapeutic targets. For this purpose, high-throughput, cost-effective methods for microbiota characterization are needed. We have employed 454-pyrosequencing of a hyper-variable region of the 16S rRNA gene in combination with sample-specific barcode sequences which enables parallel in-depth analysis of hundreds of samples with limited sample processing. In silico modeling demonstrated that the method correctly describes microbial communities down to phylotypes below the genus level. Here we applied the technique to analyze microbial communities in throat, stomach and fecal samples. Our results demonstrate the applicability of barcoded pyrosequencing as a high-throughput method for comparative microbial ecology.
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影响因子：
14.9
作者：
Ludwig, W;Strunk, O;Schleifer, KH
通讯作者：
Schleifer, KH
影响因子：
4.4
作者：
Ashelford, KE;Chuzhanova, NA;Weightman, AJ
通讯作者：
Weightman, AJ
DOI：
10.1073/pnas.0504978102
发表时间：
2005-08-02
影响因子：
11.1
作者：
Ley, RE;Bäckhed, F;Gordon, JI
通讯作者：
Gordon, JI
影响因子：
64.5
作者：
Mazmanian, SK;Liu, CH;Kasper, DL
通讯作者：
Kasper, DL
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2.7
作者：
GOOD, IJ
通讯作者：
GOOD, IJ