A map of open chromatin in human pancreatic islets.
A map of open chromatin in human pancreatic islets.
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人类胰岛中的开放染色质图。
DOI：
10.1038/ng.530
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发表时间：
2010-03
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Ferrer, Jorge
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gaulton, Kyle J.;Nammo, Takao;Pasquali, Lorenzo;Simon, Jeremy M.;Giresi, Paul G.;Fogarty, Marie P.;Panhuis, Tami M.;Mieczkowski, Piotr;Secchi, Antonio;Bosco, Domenico;Berney, Thierry;Montanya, Eduard;Mohlke, Karen L.;Lieb, Jason D.;Ferrer, Jorge
组织特异性转录调控对人类疾病至关重要。为了鉴定在人胰岛中具有活性的调控DNA，我们通过甲醛辅助分离调控元件（FAIRE）结合高通量测序对染色质进行了分析。我们鉴定出约80,000个开放染色质位点。将胰岛的FAIRE - seq与五种非胰岛细胞系进行比较，发现了约3,300个胰岛选择性开放染色质位点的物理连接簇，这些簇通常包含表现出胰岛特异性表达的单个基因。我们将序列变异定位到开放染色质位点，发现rs7903146（一种与2型糖尿病（T2D）密切相关的TCF7L2内含子变异）位于胰岛选择性开放染色质中。我们表明rs7903146杂合子在胰岛FAIRE信号中表现出等位基因不平衡，并且该变异改变了增强子活性，这表明该位点的遗传变异与局部染色质和顺式调控变化共同起作用。这些发现阐明了顺式调控元件的组织特异性结构，并表明FAIRE - seq可以指导对疾病重要的调控变异的鉴定。
Tissue-specific transcriptional regulation is central to human disease. To identify regulatory DNA active in human pancreatic islets, we profiled chromatin by FAIRE (Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements) coupled with high-throughput sequencing. We identified ~80,000 open chromatin sites. Comparison of islet FAIRE-seq to five non-islet cell lines revealed ~3,300 physically linked clusters of islet-selective open chromatin sites, which typically encompassed single genes exhibiting islet-specific expression. We mapped sequence variants to open chromatin sites and found that rs7903146, a TCF7L2 intronic variant strongly associated with type 2 diabetes (T2D), is located in islet-selective open chromatin. We show that rs7903146 heterozygotes exhibit allelic imbalance in islet FAIRE signal, and that the variant alters enhancer activity, indicating that genetic variation at this locus acts in cis with local chromatin and regulatory changes. These findings illuminate the tissue-specific organization of cis-regulatory elements, and show that FAIRE-seq can guide identification of regulatory variants important for disease.
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影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
7
作者：
Cuddapah, Suresh;Jothi, Raja;Zhao, Keji
通讯作者：
Zhao, Keji
影响因子：
64.8
作者：
Guelen, Lars;Pagie, Ludo;van Steensel, Bas
通讯作者：
van Steensel, Bas
影响因子：
4.8
作者：
Atouf, F;Czernichow, P;Scharfmann, R
通讯作者：
Scharfmann, R
影响因子：
7
作者：
Blanchette, M;Bataille, AR;Robert, FO
通讯作者：
Robert, FO