Comparison of simulated and experimentally determined dynamics for a variant of the Lacl DNA-binding domain, Nlac-P.
Comparison of simulated and experimentally determined dynamics for a variant of the Lacl DNA-binding domain, Nlac-P.
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Lacl DNA 结合域变体 Nlac-P 的模拟动力学与实验测定动力学的比较。
DOI：
10.1016/s0006-3495(98)77798-7
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发表时间：
1998
影响因子：
3.4
通讯作者：
Pettitt,BM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Swint-Kruse,L;Matthews,KS;Smith,PE;Pettitt,BM
最近的进展，在实验确定的结构和动力学的领域内的LacI提供了一个罕见的背景下评估动力学计算。一个1500 ps的轨迹进行了模拟的一个变体的LacI DNA结合域，其中包括前三个螺旋的LacI和铰链螺旋的同源PurR。将从动力学模拟得到的序参数与用15 N弛豫NMR光谱法（Slijper等人，1997.Biochemistry. 36：249-254）。MD模拟表明，螺旋II和III之间的非结构化的循环不存在于一个离散的状态下，没有盐和中性pH值的条件下，但占据了连续的状态之间的DNA结合和自由的结构。模拟还表明，螺旋III和铰链螺旋之间的非结构化区域是非常移动的，使运动的铰链螺旋基本上独立于其余的蛋白质。最后，铰链螺旋中的α-螺旋氢键在1250 ps后断裂，可能是螺旋解折叠的前奏。
Recent advances in the experimentally determined structures and dynamics of the domains within LacI provide a rare context for evaluating dynamics calculations. A 1500-ps trajectory was simulated for a variant of the LacI DNA-binding domain, which consists of the first three helices in LacI and the hinge helix of the homologous PurR. Order parameters derived from dynamics simulations are compared to those obtained for the LacI DNA-binding domain with15N relaxation NMR spectroscopy (Slijper et al., 1997.Biochemistry. 36:249–254). The MD simulations suggest that the unstructured loop between helices II and III does not exist in a discrete state under the conditions of no salt and neutral pH, but occupies a continuum of states between the DNA-bound and free structures. Simulations also indicate that the unstructured region between helix III and the hinge helix is very mobile, rendering motions of the hinge helix essentially independent of the rest of the protein. Finally, theα-helical hydrogen bonds in the hinge helix are broken after 1250ps, perhaps as a prelude to helix unfolding.
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