Evaluation of residue-residue contact predictions in CASP9.
Evaluation of residue-residue contact predictions in CASP9.
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DOI：
10.1002/prot.23160
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发表时间：
2011
影响因子：
2.9
通讯作者：
Kryshtafovych, Andriy
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Monastyrskyy, Bohdan;Fidelis, Krzysztof;Tramontano, Anna;Kryshtafovych, Andriy
本文介绍了提交给CASP9的分子内残基-残基接触预测的评估结果。评估的方法与以前的casp中使用的方法没有什么不同，两个基本的评估措施是识别接触的精度和预测接触对子集中距离分布与结构中所有残基对之间的差异。重点放在预测靶蛋白中的远程接触（即沿序列至少24个残基分开的残基之间的接触），这些接触不容易通过同源性建模。尽管在该领域有相当多的活动，但目前的分析报告显示，自CASP8以来没有明显的进展。
This paper presents the results of the assessment of the intramolecular residue-residue contact predictions submitted to CASP9. The methodology for the assessment does not differ from that used in previous CASPs, with two basic evaluation measures being the precision in recognizing contacts and the difference between the distribution of distances in the subset of predicted contact pairs versus all pairs of residues in the structure. The emphasis is placed on the prediction of long-range contacts (i.e. contacts between residues separated by at least twenty-four residues along sequence) in target proteins that cannot be easily modeled by homology. Although there is considerable activity in the field, the current analysis reports no discernable progress since CASP8.
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影响因子：
2.9
作者：
Kinch, Lisa N.;Shi, Shuoyong;Cheng, Hua;Cong, Qian;Pei, Jimin;Mariani, Valerio;Schwede, Torsten;Grishin, Nick V.
通讯作者：
Grishin, Nick V.
影响因子：
5.6
作者：
Niggemann, M;Steipe, B
通讯作者：
Steipe, B
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn248
发表时间：
2008-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Miller CS;Eisenberg D
通讯作者：
Eisenberg D
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3
作者：
Kundrotas PJ;Alexov EG
通讯作者：
Alexov EG