The RNA-binding domain of influenzavirus non-structural protein-1 cooperatively binds to virus-specific RNA sequences in a structure-dependent manner.
The RNA-binding domain of influenzavirus non-structural protein-1 cooperatively binds to virus-specific RNA sequences in a structure-dependent manner.
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流感蛋白1的RNA结合结构域以结构依赖性的方式合作与病毒特异性RNA序列结合。
DOI：
10.1093/nar/gks979
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发表时间：
2013-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Soubieux D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marc D;Barbachou S;Soubieux D
流感病毒非结构蛋白 NS1 参与病毒复制周期的多个步骤。它可以抵消干扰素反应，并且还对病毒和细胞 RNA 表现出其他活性。 NS1 已知可非特异性结合双链 RNA (dsRNA) 以及病毒和细胞 RNA。我们着手研究 NS1 是否可以优先结合序列特异性 RNA 模式，并进行体外选择 (SELEX)，从 80 个核苷酸 (nt) 长的 RNA 库中分离出 NS1 特异性适体。在鉴定的 63 个适体中，发现两个家族在 A 型流感病毒的所有正链 RNA 的 5' 末端均含有严格保守的序列。我们发现了第二个病毒特异性基序，即位于 NS1 终止密码子下游 15 个核苷酸处的 9 个核苷酸序列。此外，大多数适体具有一两个对称定位的 5'-GUAAC / 3'-CUUAG 双链基序副本，与典型的 5'-剪接位点非常相似。通过结合荧光测定和凝胶位移测定对相互作用进行深入分析，我们发现 NS1 的 RNA 结合域 (RBD) 以结构依赖性方式特异性识别序列模式，从而产生高亲和力（低纳摩尔至亚纳摩尔 KD 值）的密切相互作用，从而导致 RBD 在其 RNA 配体上寡聚化。
Influenzavirus non-structural protein NS1 is involved in several steps of the virus replication cycle. It counteracts the interferon response, and also exhibits other activities towards viral and cellular RNAs. NS1 is known to bind non-specifically to double-stranded RNA (dsRNA) as well as to viral and cellular RNAs. We set out to search whether NS1 could preferentially bind sequence-specific RNA patterns, and performed an in vitro selection (SELEX) to isolate NS1-specific aptamers from a pool of 80-nucleotide(nt)-long RNAs. Among the 63 aptamers characterized, two families were found to harbour a sequence that is strictly conserved at the 5′ terminus of all positive-strand RNAs of influenzaviruses A. We found a second virus-specific motif, a 9 nucleotide sequence located 15 nucleotides downstream from NS1’s stop codon. In addition, a majority of aptamers had one or two symmetrically positioned copies of the 5′-GUAAC / 3′-CUUAG double-stranded motif, which closely resembles the canonical 5′-splice site. Through an in-depth analysis of the interaction combining fluorimetry and gel-shift assays, we showed that NS1’s RNA-binding domain (RBD) specifically recognizes sequence patterns in a structure-dependent manner, resulting in an intimate interaction with high affinity (low nanomolar to subnanomolar KD values) that leads to oligomerization of the RBD on its RNA ligands.
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DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
影响因子：
44.1
作者：
Cheng, Ao;Wong, Sek Man;Yuan, Y. Adam
通讯作者：
Yuan, Y. Adam
影响因子：
5.4
作者：
Egorov, A;Brandt, S;Muster, T
通讯作者：
Muster, T
影响因子：
2.7
作者：
Hoon, Shawn;Zhou, Bin;Scolnick, Jonathan
通讯作者：
Scolnick, Jonathan
影响因子：
5.4
作者：
Donelan, NR;Basler, CF;García-Sastre, A
通讯作者：
García-Sastre, A