GCEN: An Easy-to-Use Toolkit for Gene Co-Expression Network Analysis and lncRNAs Annotation.
GCEN: An Easy-to-Use Toolkit for Gene Co-Expression Network Analysis and lncRNAs Annotation.
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DOI：
10.3390/cimb44040100
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发表时间：
2022-03-25
影响因子：
3.1
通讯作者：
Liu, Changning
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen, Wen;Li, Jing;Huang, Shulan;Li, Xiaodeng;Zhang, Xuan;Hu, Xiang;Xiang, Shuanglin;Liu, Changning
基因共表达网络分析已广泛应用于基因功能注释，特别是长链非编码RNA（lncRNA）的功能注释。然而，缺乏有效的跨平台分析工具。为了使生物学家能够轻松构建基因共表达网络并预测基因功能，我们开发了GCEN，这是一个用C++开发的跨平台命令行工具包。这是一个高效且易于使用的解决方案，允许每个人进行基因共表达网络分析，而不需要复杂的编程技能，特别是在RNA-Seq研究和lncRNA功能注释的情况下。由于其模块化设计，GCEN可以轻松集成到其他管道中。
Gene co-expression network analysis has been widely used in gene function annotation, especially for long noncoding RNAs (lncRNAs). However, there is a lack of effective cross-platform analysis tools. For biologists to easily build a gene co-expression network and to predict gene function, we developed GCEN, a cross-platform command-line toolkit developed with C++. It is an efficient and easy-to-use solution that will allow everyone to perform gene co-expression network analysis without the requirement of sophisticated programming skills, especially in cases of RNA-Seq research and lncRNAs function annotation. Because of its modular design, GCEN can be easily integrated into other pipelines.
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