Large-scale tethered function assays identify factors that regulate mRNA stability and translation.
Large-scale tethered function assays identify factors that regulate mRNA stability and translation.
复制标题
DOI：
10.1038/s41594-020-0477-6
复制
发表时间：
2020-10
影响因子：
16.8
通讯作者：
Yeo GW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo EC;Nathanson JL;Tan FE;Schwartz JL;Schmok JC;Shankar A;Markmiller S;Yee BA;Sathe S;Pratt GA;Scaletta DB;Ha Y;Hill DE;Aigner S;Yeo GW
大多数RNA结合蛋白（RBP）的分子功能仍不清楚，突出了充分理解基因表达调控的主要瓶颈。在这里，我们开发了690个人RBPs的质粒资源，我们进行了基于内切酶的3′-未标记区拴系功能测定，以确定调节RNA稳定性或翻译的RBPs。这些RBP的增强的UV交联和免疫沉淀鉴定了数千种响应RBP水平变化的内源性mRNA靶点，重现了在系留功能测定中观察到的效应。在这些RBP中，泛素相关蛋白2样（UBAP 2L）蛋白通过其RGG结构域与RNA相互作用，并与mRNA和rRNA交联。UBAP 2L与RNA靶向CRISPR-Cas9的融合证明了可编程的翻译增强。多核糖体分析表明UBAP 2L促进靶mRNA的翻译，特别是翻译的全局调节因子。我们的系链调查允许快速分配蛋白质的分子活性，如UBAP 2L，mRNA代谢的特定步骤。
The molecular functions of the majority of RNA-binding proteins (RBPs) remain unclear, highlighting a major bottleneck to a full understanding of gene expression regulation. Here, we develop a plasmid resource of 690 human RBPs that we subject to luciferase-based 3′-untranslated-region tethered function assays to pinpoint RBPs that regulate RNA stability or translation. Enhanced UV-cross-linking and immunoprecipitation of these RBPs identifies thousands of endogenous mRNA targets that respond to changes in RBP level, recapitulating effects observed in tethered function assays. Among these RBPs, the ubiquitin-associated protein 2-like (UBAP2L) protein interacts with RNA via its RGG domain and cross-links to mRNA and rRNA. Fusion of UBAP2L to RNA-targeting CRISPR–Cas9 demonstrates programmable translational enhancement. Polysome profiling indicates that UBAP2L promotes translation of target mRNAs, particularly global regulators of translation. Our tethering survey allows rapid assignment of the molecular activity of proteins, such as UBAP2L, to specific steps of mRNA metabolism.
登录
查看更多内容
束缚功能分析是阐明RNA结合蛋白的分子作用的工具。
影响因子：
--
作者：
Bos TJ;Nussbacher JK;Aigner S;Yeo GW
通讯作者：
Yeo GW
影响因子：
8.8
作者：
Conway AE;Van Nostrand EL;Pratt GA;Aigner S;Wilbert ML;Sundararaman B;Freese P;Lambert NJ;Sathe S;Liang TY;Essex A;Landais S;Burge CB;Jones DL;Yeo GW
通讯作者：
Yeo GW
影响因子：
2.7
作者：
Benjamini, Yoav;Krieger, Abba M.;Yekutieli, Daniel
通讯作者：
Yekutieli, Daniel
影响因子：
16.6
作者：
Beckmann BM;Horos R;Fischer B;Castello A;Eichelbaum K;Alleaume AM;Schwarzl T;Curk T;Foehr S;Huber W;Krijgsveld J;Hentze MW
通讯作者：
Hentze MW
影响因子：
64.5
作者：
Batra R;Nelles DA;Pirie E;Blue SM;Marina RJ;Wang H;Chaim IA;Thomas JD;Zhang N;Nguyen V;Aigner S;Markmiller S;Xia G;Corbett KD;Swanson MS;Yeo GW
通讯作者：
Yeo GW