Virus pathogen database and analysis resource (ViPR): a comprehensive bioinformatics database and analysis resource for the coronavirus research community.
Virus pathogen database and analysis resource (ViPR): a comprehensive bioinformatics database and analysis resource for the coronavirus research community.
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DOI：
10.3390/v4113209
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发表时间：
2012-11-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Scheuermann RH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pickett BE;Greer DS;Zhang Y;Stewart L;Zhou L;Sun G;Gu Z;Kumar S;Zaremba S;Larsen CN;Jen W;Klem EB;Scheuermann RH
冠状病毒科中的几种病毒已被归类为新兴或重新出现的人类病原体，其中严重急性呼吸道综合征冠状病毒（SARS-CoV）是最知名的。NIAID赞助的病毒病原体数据库和分析资源（ViPR）支持各种人类病毒病原体和其他相关病毒（包括整个冠状病毒科）的生物信息学工作流。ViPR通过直观的基于Web的搜索界面提供对序列记录、基因和蛋白质注释、免疫表位、3D结构、宿主因子数据和其他数据类型的访问。从这些查询返回的记录然后可以进行基于网络的分析，包括：多重序列比对，系统发育推断，序列变异测定，BLAST比较，和元数据驱动的比较基因组学统计分析。存在其他工具来显示多个序列比对，查看系统发育树，可视化3D蛋白质结构，将现有的参考基因组注释转移到新的基因组，并在个人私人“空间”内存储或共享来自任何搜索或分析的结果以供将来访问。ViPR中的所有数据以及集成分析和可视化工具都作为一项服务免费提供给冠状病毒科研究社区，以促进针对这些人类病原体的诊断、药物、疫苗和治疗方法的研究和开发。
Several viruses within the Coronaviridae family have been categorized as either emerging or re-emerging human pathogens, with Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) being the most well known. The NIAID-sponsored Virus Pathogen Database and Analysis Resource (ViPR, ) supports bioinformatics workflows for a broad range of human virus pathogens and other related viruses, including the entire Coronaviridae family. ViPR provides access to sequence records, gene and protein annotations, immune epitopes, 3D structures, host factor data, and other data types through an intuitive web-based search interface. Records returned from these queries can then be subjected to web-based analyses including: multiple sequence alignment, phylogenetic inference, sequence variation determination, BLAST comparison, and metadata-driven comparative genomics statistical analysis. Additional tools exist to display multiple sequence alignments, view phylogenetic trees, visualize 3D protein structures, transfer existing reference genome annotations to new genomes, and store or share results from any search or analysis within personal private ‘Workbench’ spaces for future access. All of the data and integrated analysis and visualization tools in ViPR are made available without charge as a service to the Coronaviridae research community to facilitate the research and development of diagnostics, prophylactics, vaccines and therapeutics against these human pathogens.
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