Faster, quantitative, and accurate precursor acquisition independent from ion count.
Faster, quantitative, and accurate precursor acquisition independent from ion count.
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DOI：
10.1021/ac103079q
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发表时间：
2011-03-15
影响因子：
7.4
通讯作者：
Goodlett, David R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Panchaud, Alexandre;Jung, Sunhee;Shaffer, Scott A.;Aitchison, John D.;Goodlett, David R.
数据依赖的前体离子选择广泛应用于鸟枪蛋白质组学中，以分析复杂样品的蛋白质成分。尽管这种自下而上的方法非常流行，但它在可检测的动态范围方面存在重大缺陷。最近，我们展示了一种与数据无关的方法的卓越性能，我们称之为“独立于离子计数的肽采集”(PAcIFIC)。在这里，我们报告了一种更快、更准确、多重且定量的 PAcIFIC 方法。我们的结果表明，使用现代离子阱仪器执行此类分析所需的时间可减少 33% 至 66%，并且高质量精度可应用于此类策略。使用同量异序标签对蛋白质标准品和全细菌细胞裂解物进行定量分析。最后，我们在酵母中确认了这种方法的动态范围能力，无需样品预分级即可监测每个细胞少于 50 个拷贝的蛋白质。
Data-dependent precursor ion selection is widely used in shotgun proteomics to profile the protein components of complex samples. Although very popular, this bottom-up method presents major drawbacks in terms of detectable dynamic range. Recently, we demonstrated the superior performance of a data-independent method we termed Peptide Acquisition Independent From Ion Count (PAcIFIC). Here, we report a faster, accurate, multiplexed and quantitative PAcIFIC method. Our results show that the time needed to perform such analysis can be decreased by 33% to 66% using modern ion trap instruments and that high mass accuracy can be applied to such a strategy. Quantification capability is demonstrated on protein standards and a whole bacterial cell lysate using isobaric tagging. Finally, we confirm in yeast the dynamic range capabilities of such a method where proteins down to less than 50 copies per cell can be monitored without sample pre-fractionation.
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