Consistency in large pharmacogenomic studies.
Consistency in large pharmacogenomic studies.
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DOI：
10.1038/nature19838
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发表时间：
2016-11-30
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Huang RS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Geeleher P;Gamazon ER;Seoighe C;Cox NJ;Huang RS
方法在CGP和CCLE中，使用两项研究共有的有序数据，将基因表达和药物敏感性（AUC）值分别排列在n1× m和n2× m矩阵中，其中m为两项研究共有的细胞系数，n1为基因数，n2为药物数。通过CGP和CCLE矩阵的匹配列的相关性计算细胞系之间的相关性（表达的向量长度为n1，AUC的向量长度为n2）。“跨”细胞系的相关性是匹配行的相关性（两个数据的长度为m的向量）。
MethodsIn CGP and CCLE, using ordered data common to both studies, gene expression and drug sensitivity (AUC) values can be arranged in n1× m and n2× m matrices, respectively, in which m is the number of cell lines, n1 is the number of genes and n2 is the number of drugs common to both studies. Correlations ‘between’cell lines are calculated by the correlation of matching columns of CGP and CCLE matrices (vectors of length n1 for expression or n2 for AUC). Correlations ‘across’ cell lines are the correlations of matching rows (vectors of length m for both data).
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影响因子：
64.8
作者：
Solit, DB;Garraway, LA;Rosen, N
通讯作者：
Rosen, N
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6.4
作者：
Muller, Christoph R.;Paulsen, Erik B.;Myklebost, Ola
通讯作者：
Myklebost, Ola
影响因子：
64.8
作者：
Garnett, Mathew J.;Edelman, Elena J.;Heidorn, Sonja J.;Greenman, Chris D.;Dastur, Anahita;Lau, King Wai;Greninger, Patricia;Thompson, I. Richard;Luo, Xi;Soares, Jorge;Liu, Qingsong;Iorio, Francesco;Surdez, Didier;Chen, Li;Milano, Randy J.;Bignell, Graham R.;Tam, Ah T.;Davies, Helen;Stevenson, Jesse A.;Barthorpe, Syd;Lutz, Stephen R.;Kogera, Fiona;Lawrence, Karl;McLaren-Douglas, Anne;Mitropoulos, Xeni;Mironenko, Tatiana;Thi, Helen;Richardson, Laura;Zhou, Wenjun;Jewitt, Frances;Zhang, Tinghu;O'Brien, Patrick;Boisvert, Jessica L.;Price, Stacey;Hur, Wooyoung;Yang, Wanjuan;Deng, Xianming;Butler, Adam;Choi, Hwan Geun;Chang, JaeWon;Baselga, Jose;Stamenkovic, Ivan;Engelman, Jeffrey A.;Sharma, Sreenath V.;Delattre, Olivier;Saez-Rodriguez, Julio;Gray, Nathanael S.;Settleman, Jeffrey;Futreal, P. Andrew;Haber, Daniel A.;Stratton, Michael R.;Ramaswamy, Sridhar;McDermott, Ultan;Benes, Cyril H.
通讯作者：
Benes, Cyril H.
DOI：
10.1093/jnci/91.22.1940
发表时间：
1999-11-17
期刊：
JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE
影响因子：
--
作者：
Kelland, LR;Sharp, SY;Workman, P
通讯作者：
Workman, P
影响因子：
12.3
作者：
Geeleher P;Cox NJ;Huang RS
通讯作者：
Huang RS