CHANCE: comprehensive software for quality control and validation of ChIP-seq data.
CHANCE: comprehensive software for quality control and validation of ChIP-seq data.
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DOI：
10.1186/gb-2012-13-10-r98
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发表时间：
2012-10-15
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Song JS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Diaz A;Nellore A;Song JS
ChIP-seq是获得蛋白质- dna相互作用和表观遗传修饰的全基因组图谱的有力方法。CHANCE （CHip-seq分析和置信度估计）是CHip-seq质量控制和协议优化的独立软件包。我们用户友好的图形软件快速估计免疫沉淀的强度和质量，识别偏差，将用户数据与ENCODE的大量已发表数据集进行比较，执行多样本归一化，对照定量pcr验证的控制区域进行检查，并生成信息丰富的图形报告。机会可以在https://github.com/songlab/chance上找到。
ChIP-seq is a powerful method for obtaining genome-wide maps of protein-DNA interactions and epigenetic modifications. CHANCE (CHip-seq ANalytics and Confidence Estimation) is a standalone package for ChIP-seq quality control and protocol optimization. Our user-friendly graphical software quickly estimates the strength and quality of immunoprecipitations, identifies biases, compares the user's data with ENCODE's large collection of published datasets, performs multi-sample normalization, checks against quantitative PCR-validated control regions, and produces informative graphical reports. CHANCE is available at https://github.com/songlab/chance.
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