Conserved principles of transcriptional networks controlling metabolic flexibility in archaea
Conserved principles of transcriptional networks controlling metabolic flexibility in archaea
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控制古细菌代谢灵活性的转录网络的保守原理
DOI：
10.1042/etls20180036
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发表时间：
2018
影响因子：
3.8
通讯作者：
Schmid, Amy K.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schmid, Amy K.
基因调控与代谢密切相关，使生物化学途径的适当时机和调整底物的可用性。在微生物中，如古细菌和细菌，转录因子（TF）通常直接感知外部信号，如营养底物，代谢中间体或氧化还原状态，以调节基因表达。最近强烈的兴趣的特点是功能的大量这样的调节TF在古细菌中，调节各种各样的独特的古细菌代谢能力。然而，目前尚不清楚相互关联的代谢和转录网络的协调活动如何产生在古细菌细胞中经常观察到的动态灵活性，因为它们响应能量限制和间歇性底物可用性。在这篇综述中，我们就这些古菌网络及其动态特性进行了交流。我们将这些古细菌网络的拓扑结构与已知的细菌网络进行比较，以突出保守和独特的方面。我们提出了一个新的计算模型的一个典型的古菌网络，旨在奠定基础，了解统一的动态功能的综合代谢转录网络在古菌和细菌的一般原则。
Gene regulation is intimately connected with metabolism, enabling the appropriate timing and tuning of biochemical pathways to substrate availability. In microorganisms, such as archaea and bacteria, transcription factors (TFs) often directly sense external cues such as nutrient substrates, metabolic intermediates, or redox status to regulate gene expression. Intense recent interest has characterized the functions of a large number of such regulatory TFs in archaea, which regulate a diverse array of unique archaeal metabolic capabilities. However, it remains unclear how the co-ordinated activity of the interconnected metabolic and transcription networks produces the dynamic flexibility so frequently observed in archaeal cells as they respond to energy limitation and intermittent substrate availability. In this review, we communicate the current state of the art regarding these archaeal networks and their dynamic properties. We compare the topology of these archaeal networks to those known for bacteria to highlight conserved and unique aspects. We present a new computational model for an exemplar archaeal network, aiming to lay the groundwork toward understanding general principles that unify the dynamic function of integrated metabolic-transcription networks across archaea and bacteria.
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影响因子：
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Thor S;Peterson JR;Luthey-Schulten Z
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