FastDMA: an infinium humanmethylation450 beadchip analyzer.
FastDMA: an infinium humanmethylation450 beadchip analyzer.
复制标题
FastDMA：Infinium HumanMmethylation450 Beadchip 分析仪
DOI：
10.1371/journal.pone.0074275
复制
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Zhang MQ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu D;Gu J;Zhang MQ
DNA甲基化对许多基本的生物过程和人类疾病至关重要。Illumina Infinium Human Methylation450 BeadChip是最近开发的一个平台，它研究了超过48万个CpG位点和几个CHG位点的全基因组DNA甲基化状态，数据质量很高。为了分析这个有希望的平台的数据，我们开发了FastDMA，它可以用来识别显著差异甲基化的探针。除了单探针分析，FastDMA还可以进行基于区域的分析，以识别差异甲基化区域(DMRS)。使用统一的统计模型--协方差分析(ANCOVA)来实现FastDMA中的所有分析。我们在癌症基因组图谱(TCGA)的三个大规模DNA甲基化数据集上应用FastDMA，在不同类型的癌症中发现了许多差异甲基化的基因组位置。在测试数据集上，FastDMA显示出比现有工具更高的计算效率。FastDMA具有一体化的流水线和较高的计算效率，有利于大规模DNA甲基化研究的数据分析。该软件可通过http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/fastdma/.免费获得
DNA methylation is vital for many essential biological processes and human diseases. Illumina Infinium HumanMethylation450 Beadchip is a recently developed platform studying genome-wide DNA methylation state on more than 480,000 CpG sites and a few CHG sites with high data quality. To analyze the data of this promising platform, we developed FastDMA which can be used to identify significantly differentially methylated probes. Besides single probe analysis, FastDMA can also do region-based analysis for identifying the differentially methylated region (DMRs). A uniformed statistical model, analysis of covariance (ANCOVA), is used to achieve all the analyses in FastDMA. We apply FastDMA on three large-scale DNA methylation datasets from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and find many differentially methylated genomic sites in different types of cancer. On the testing datasets, FastDMA shows much higher computational efficiency than current tools. FastDMA can benefit the data analyses of large-scale DNA methylation studies with an integrative pipeline and a high computational efficiency. The software is freely available via http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/fastdma/.
登录
查看更多内容
影响因子：
11.2
作者：
Fackler MJ;Umbricht CB;Williams D;Argani P;Cruz LA;Merino VF;Teo WW;Zhang Z;Huang P;Visvananthan K;Marks J;Ethier S;Gray JW;Wolff AC;Cope LM;Sukumar S
通讯作者：
Sukumar S
影响因子：
3.8
作者：
Dedeurwaerder, Sarah;Defrance, Matthieu;Fuks, Francois
通讯作者：
Fuks, Francois
影响因子：
11.2
作者：
Easwaran HP;Van Neste L;Cope L;Sen S;Mohammad HP;Pageau GJ;Lawrence JB;Herman JG;Schuebel KE;Baylin SB
通讯作者：
Baylin SB
MBD分离的基因组测序提供了对人基因组中DNA甲基化的高通量和全面调查。
影响因子：
14.9
作者：
Serre D;Lee BH;Ting AH
通讯作者：
Ting AH
在体内小鼠红细胞生成过程中，全局DNA脱甲基化。
DOI：
10.1126/science.1207306
发表时间：
2011-11-11
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Shearstone JR;Pop R;Bock C;Boyle P;Meissner A;Socolovsky M
通讯作者：
Socolovsky M