dbCAN-seq: a database of carbohydrate-active enzyme (CAZyme) sequence and annotation.
dbCAN-seq: a database of carbohydrate-active enzyme (CAZyme) sequence and annotation.
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DOI：
10.1093/nar/gkx894
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yin Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang L;Zhang H;Wu P;Entwistle S;Li X;Yohe T;Yi H;Yang Z;Yin Y
碳水化合物活性酶（Carbohydrate-active enzyme，CAZymes）不仅是生物能源和农业工业中最重要的酶，而且对人类健康也非常重要，因为人类肠道微生物群在其基因组中编码数百个CAZymes基因，用于降解各种膳食和宿主碳水化合物。我们已经建立了一个在线数据库dbCAN-seq（http：//cys.bios.niu.edu/dbCAN_seq），为5，349个细菌基因组提供预先计算的CAZyme序列和注释数据。与其他CAZyme资源相比，dbCAN-seq具有以下新功能：（i）方便的下载页面，允许批量下载所有序列和注释数据;（ii）每个CAZyme的注释页面，提供最全面的注释数据;（iii）元数据页面，根据物种元数据（如疾病，栖息地，氧气需求，温度，代谢）组织细菌基因组;（iii）数据页面，根据物种元数据组织细菌基因组。（iv）鉴定物理连接的CAZyme基因簇（CGC）的非常快速的工具和（v）允许快速和有效的数据查询的强大的搜索功能。有了这些独特的实用程序，dbCAN-seq将成为CAZyme研究的宝贵网络资源，重点补充dbCAN（自动化CAZyme注释服务器）和CAZy（CAZyme家族分类和参考数据库）。
Carbohydrate-active enzyme (CAZymes) are not only the most important enzymes for bioenergy and agricultural industries, but also very important for human health, in that human gut microbiota encode hundreds of CAZyme genes in their genomes for degrading various dietary and host carbohydrates. We have built an online database dbCAN-seq (http://cys.bios.niu.edu/dbCAN_seq) to provide pre-computed CAZyme sequence and annotation data for 5,349 bacterial genomes. Compared to the other CAZyme resources, dbCAN-seq has the following new features: (i) a convenient download page to allow batch download of all the sequence and annotation data; (ii) an annotation page for every CAZyme to provide the most comprehensive annotation data; (iii) a metadata page to organize the bacterial genomes according to species metadata such as disease, habitat, oxygen requirement, temperature, metabolism; (iv) a very fast tool to identify physically linked CAZyme gene clusters (CGCs) and (v) a powerful search function to allow fast and efficient data query. With these unique utilities, dbCAN-seq will become a valuable web resource for CAZyme research, with a focus complementary to dbCAN (automated CAZyme annotation server) and CAZy (CAZyme family classification and reference database).
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