In vitro functional analysis of gRNA sites regulating assembly of hepatitis B virus.
In vitro functional analysis of gRNA sites regulating assembly of hepatitis B virus.
复制标题
调节乙型肝炎病毒组装的gRNA位点的体外功能分析。
DOI：
10.1038/s42003-021-02897-2
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发表时间：
2021-12-16
影响因子：
5.9
通讯作者：
Stockley PG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Patel N;Clark S;Weiß EU;Mata CP;Bohon J;Farquhar ER;Maskell DP;Ranson NA;Twarock R;Stockley PG
RNA 序列/结构基序、包装信号 (PS) 在调节 HBV 基因组转录物组装中的作用已在仅包含核心蛋白 (Cp) 和 RNA 的有效体外测定中进行了研究。先前未使用过的菌株基因组内的三个保守 PS 的变体阻止了 Cp 识别环基序的正确呈现，对于核衣壳样颗粒 (NCP) 的组装具有不同的有害性。用野生型 gRNA 转录物形成的 T = 4 NCP 的冷冻电子显微镜重建表明，Cp 壳的内部与较低分辨率密度接触，可能包含富含精氨酸的蛋白质结构域和 gRNA。对称松弛后进行不对称重建表明，这种接触是在每个对称轴上进行的。我们从它们的组装调节中推断，其中一些接触将涉及 gRNA PS，并通过 X 射线 RNA 足迹证实了这一点。 gRNA 中 ε 茎环的突变（聚合酶在体内与此处结合）会产生单独的 Cp 的较差的 RNA 组装底物，这主要是由于其构象的改变。结果表明，RNA PS 在体外调节 HBV 基因组转录本的组装，因此可能在体内与其他分子因素协同发挥类似的作用。帕特尔等人。使用仅包含核心蛋白 (Cp) 和 RNA 的体外测定研究 RNA 序列/结构基序“包装信号”(PS) 在调节 HBV 基因组转录物组装中的作用。他们表明，RNA PS 在体外调节 HBV 基因组转录本的组装，因此可能在体内与其他分子因素协同发挥类似的作用。
The roles of RNA sequence/structure motifs, Packaging Signals (PSs), for regulating assembly of an HBV genome transcript have been investigated in an efficient in vitro assay containing only core protein (Cp) and RNA. Variants of three conserved PSs, within the genome of a strain not used previously, preventing correct presentation of a Cp-recognition loop motif are differentially deleterious for assembly of nucleocapsid-like particles (NCPs). Cryo-electron microscopy reconstruction of the T = 4 NCPs formed with the wild-type gRNA transcript, reveal that the interior of the Cp shell is in contact with lower resolution density, potentially encompassing the arginine-rich protein domains and gRNA. Symmetry relaxation followed by asymmetric reconstruction reveal that such contacts are made at every symmetry axis. We infer from their regulation of assembly that some of these contacts would involve gRNA PSs, and confirmed this by X-ray RNA footprinting. Mutation of the ε stem-loop in the gRNA, where polymerase binds in vivo, produces a poor RNA assembly substrate with Cp alone, largely due to alterations in its conformation. The results show that RNA PSs regulate assembly of HBV genomic transcripts in vitro, and therefore may play similar roles in vivo, in concert with other molecular factors. Patel et al. investigate the role of RNA sequence/structure motif ‘Packaging Signals’ (PSs) in regulating the assembly of an HBV genome transcript using an in vitro assay containing only core protein (Cp) and RNA. They show that RNA PSs regulate assembly of HBV genomic transcripts in vitro, and therefore may play similar roles in vivo, in concert with other molecular factors.
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影响因子：
64.8
作者：
Bottcher, B;Wynne, SA;Crowther, RA
通讯作者：
Crowther, RA
影响因子：
5.6
作者：
Ford, Robert J.;Barker, Amy M.;Bakker, Saskia E.;Coutts, Robert H.;Ranson, Neil A.;Phillips, Simon E. V.;Pearson, Arwen R.;Stockley, Peter G.
通讯作者：
Stockley, Peter G.
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
158.5
作者：
GREENBERG, HB;POLLARD, RB;MERIGAN, TC
通讯作者：
MERIGAN, TC
DOI：
10.1107/s0907444909052925
发表时间：
2010-02
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Adams PD;Afonine PV;Bunkóczi G;Chen VB;Davis IW;Echols N;Headd JJ;Hung LW;Kapral GJ;Grosse-Kunstleve RW;McCoy AJ;Moriarty NW;Oeffner R;Read RJ;Richardson DC;Richardson JS;Terwilliger TC;Zwart PH
通讯作者：
Zwart PH