GEPIA: a web server for cancer and normal gene expression profiling and interactive analyses.
GEPIA: a web server for cancer and normal gene expression profiling and interactive analyses.
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GEPIA：用于癌症和正常基因表达谱和交互式分析的网络服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkx247
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tang Z;Li C;Kang B;Gao G;Li C;Zhang Z
TCGA和GTEx等大型联盟项目已经产生了大量的RNA测序数据，为数据挖掘和更深入地了解基因功能创造了新的机会。虽然某些现有的Web服务器很有价值并得到了广泛的应用，但这些工具仍然没有充分解决实验生物学家所需的许多表达分析功能。我们介绍了GEPIA(基因表达谱交互分析)，这是一个基于Web的工具，可以基于TCGA和GTEx数据提供快速和可定制的功能。GEPIA提供关键的交互和可定制的功能，包括差异表达分析、轮廓绘制、相关性分析、患者生存分析、相似基因检测和降维分析。通过GEPIA的简单点击，全面的表达分析极大地促进了广泛研究领域、科学讨论和治疗发现过程中的数据挖掘。GEPIA填补了癌症基因组大数据与向终端用户提供集成信息之间的空白，从而帮助释放当前数据资源的价值。GEPIA的网址是：http://gepia.cancer-pku.cn/.。
Tremendous amount of RNA sequencing data have been produced by large consortium projects such as TCGA and GTEx, creating new opportunities for data mining and deeper understanding of gene functions. While certain existing web servers are valuable and widely used, many expression analysis functions needed by experimental biologists are still not adequately addressed by these tools. We introduce GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis), a web-based tool to deliver fast and customizable functionalities based on TCGA and GTEx data. GEPIA provides key interactive and customizable functions including differential expression analysis, profiling plotting, correlation analysis, patient survival analysis, similar gene detection and dimensionality reduction analysis. The comprehensive expression analyses with simple clicking through GEPIA greatly facilitate data mining in wide research areas, scientific discussion and the therapeutic discovery process. GEPIA fills in the gap between cancer genomics big data and the delivery of integrated information to end users, thus helping unleash the value of the current data resources. GEPIA is available at http://gepia.cancer-pku.cn/.
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影响因子：
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作者：
Plitas, George;Konopacki, Catherine;Wu, Kenmin;Bos, Paula D.;Morrow, Monica;Putintseva, Ekaterina V.;Chudakov, Dmitriy M.;Rudensky, Alexander Y.
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Weinstein, John N.;Collisson, Eric A.;Mills, Gordon B.;Shaw, Kenna R. Mills;Ozenberger, Brad A.;Ellrott, Kyle;Shmulevich, Ilya;Sander, Chris;Stuart, Joshua M.
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通讯作者：
Brazma A