RNA structural probing of guanine and uracil nucleotides in yeast.
RNA structural probing of guanine and uracil nucleotides in yeast.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0288070
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
RNA结构对其细胞功能至关重要。因此，研究体内RNA结构的方法对于理解细胞RNA的作用非常重要。RNA结构探测是一种通过分析不同核苷酸对化学修饰的反应性来间接评估RNA三维结构的方法。硫酸二甲酯（DMS）是一种公认的化合物，可在体外和体内报告腺嘌呤（A）和胞苷（C）的碱基配对情况，但与鸟嘌呤（G）或尿嘧啶（U）不反应。最近，新的化合物被用于修饰植物、细菌和人类细胞中的Gs和Us。为了补充模式生物酵母中通过化学修饰进行RNA结构探测的范围，我们分析了酿酒酵母和白色念珠菌中乙二醛家族对鸟嘌呤修饰的有效性。我们发现，在乙二醛家族化合物中，苯基乙二醛（PGO）是S.酿酒酵母和C.白色念珠菌此外，我们表明，PGO处理不影响细胞中不同RNA种类的加工，并且在我们为RNA结构探测建立的条件下对细胞无毒。我们还探讨了环己基-3-（2-吗啉乙基）碳二亚胺甲基对甲苯磺酸酯（CMCT）在体内对尿嘧啶修饰的有效性，并证明了CMCT可以修饰S。cerevisiae in vivo.我们的研究结果提供了条件，在体内探测鸟嘌呤和尿嘧啶核苷酸在酵母RNA结构的反应性，并提供了一个有价值的工具，研究RNA的结构和功能，在两个广泛使用的酵母模型系统。
RNA structure can be essential for its cellular function. Therefore, methods to investigate the structure of RNA in vivo are of great importance for understanding the role of cellular RNAs. RNA structure probing is an indirect method to asess the three-dimensional structure of RNA by analyzing the reactivity of different nucleotides to chemical modifications. Dimethyl sulfate (DMS) is a well-established compound that reports on base pairing context of adenine (A) and cytidine (C) in-vitro and in-vivo, but is not reactive to guanine (G) or uracil (U). Recently, new compounds were used to modify Gs and Us in plant, bacteria, and human cells. To complement the scope of RNA structural probing by chemical modifications in the model organism yeast, we analyze the effectiveness of guanine modification by the glyoxal family in Saccharomyces cerevisiae and Candida albicans. We show that within glyoxal family of compounds, phenylglyoxal (PGO) is the best guanine probe for structural probing in S. cerevisiae and C. albicans. Further, we show that PGO treatment does not affect the processing of different RNA species in the cell and is not toxic for the cells under the conditions we have established for RNA structural probing. We also explore the effectiveness of uracil modification by Cyclohexyl-3-(2-Morpholinoethyl) Carbodiimide metho-p-Toluenesulfonate (CMCT) in vivo and demonstrate that uracils can be modified by CMCT in S. cerevisiae in vivo. Our results provide the conditions for in vivo probing the reactivity of guanine and uracil nucleotides in RNA structures in yeast and offer a valuable tool for studying RNA structure and function in two widely used yeast model systems.
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DOI：
10.1261/rna.067868.118
发表时间：
2019-01
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mitchell D 3rd;Renda AJ;Douds CA;Babitzke P;Assmann SM;Bevilacqua PC
通讯作者：
Bevilacqua PC
弥合体外和体内RNA折叠之间的间隙。
影响因子：
6.1
作者：
Leamy KA;Assmann SM;Mathews DH;Bevilacqua PC
通讯作者：
Bevilacqua PC
DOI：
10.1261/rna.064014.117
发表时间：
2018-01
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mitchell D 3rd;Ritchey LE;Park H;Babitzke P;Assmann SM;Bevilacqua PC
通讯作者：
Bevilacqua PC
影响因子：
14.9
作者：
Kufel, J;Allmang, C;Tollervey, D
通讯作者：
Tollervey, D
DOI：
10.1016/0005-2787(68)90290-6
发表时间：
1968-01-01
期刊：
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA
影响因子：
--
作者：
NAKAYA, K;TAKENAKA, O;SHIBATA, K
通讯作者：
SHIBATA, K