Integrating alternative splicing detection into gene prediction.
Integrating alternative splicing detection into gene prediction.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-25
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发表时间：
2005-02-10
影响因子：
3
通讯作者：
Schiex T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Foissac S;Schiex T
选择性剪接（alternative splicing，AS）被认为是转录组/蛋白质组多样性的主要参与者，在新基因组的注释过程中不可忽视。尽管在计算基因预测的准确性方面取得了相当大的进展，但当有局部实验证据时，可靠地预测AS变体的能力仍然是基因发现者面临的一个公开挑战。我们已经使用了一种新的整合方法，允许将AS检测到从头开始基因预测。该方法依赖于基因组比对的转录物序列（EST和/或cDNA）的分析，并已在基于图形的基因查找器EuGSNNE的动态编程算法中实现。给定一个基因组序列和一组对齐的转录本，这个新的版本确定了一组携带选择性剪接事件的证据的转录本，并提供了，除了经典的最佳基因预测，替代的最佳预测（其中是与检测到的AS事件一致）。这允许以某种方式对单个基因进行多个注释，使得每个预测的变体得到转录证据的支持（但不一定具有全长覆盖）。这种实验数据分析和从头基因发现的自动组合提供了在单个注释管道内的选择性剪接基因预测的理想集成。
Alternative splicing (AS) is now considered as a major actor in transcriptome/proteome diversity and it cannot be neglected in the annotation process of a new genome. Despite considerable progresses in term of accuracy in computational gene prediction, the ability to reliably predict AS variants when there is local experimental evidence of it remains an open challenge for gene finders. We have used a new integrative approach that allows to incorporate AS detection into ab initio gene prediction. This method relies on the analysis of genomically aligned transcript sequences (ESTs and/or cDNAs), and has been implemented in the dynamic programming algorithm of the graph-based gene finder EuGÈNE. Given a genomic sequence and a set of aligned transcripts, this new version identifies the set of transcripts carrying evidence of alternative splicing events, and provides, in addition to the classical optimal gene prediction, alternative optimal predictions (among those which are consistent with the AS events detected). This allows for multiple annotations of a single gene in a way such that each predicted variant is supported by a transcript evidence (but not necessarily with a full-length coverage). This automatic combination of experimental data analysis and ab initio gene finding offers an ideal integration of alternatively spliced gene prediction inside a single annotation pipeline.
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