In silico guided reconstruction and analysis of ICAM-1-binding var genes from Plasmodium falciparum.
In silico guided reconstruction and analysis of ICAM-1-binding var genes from Plasmodium falciparum.
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DOI：
10.1038/s41598-018-21591-8
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发表时间：
2018-02-19
影响因子：
4.6
通讯作者：
Craig AG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carrington E;Otto TD;Szestak T;Lennartz F;Higgins MK;Newbold CI;Craig AG
恶性疟原虫变异体表面抗原PfEMP1表达于感染的红细胞表面，在严重疟疾的发病机制中起重要作用。随着编码PfEMP1的var基因序列池的扩大，尽管该基因家族显示出高度的序列多样性，但仍有机会从患者分离株产生的小序列标签中重建全长var基因。为了测试这是否可能，我们使用了一组最近实验室适应的ICAM-1结合寄生虫分离物来产生序列标签，并从这些标签中鉴定它们表达的全长PfEMP1。在现有菌株的一个子集中，我们能够产生经过验证的全长var基因序列，并使用这些序列对ICAM-1结合区进行生物物理分析。
The Plasmodium falciparum variant surface antigen PfEMP1 expressed on the surface of infected erythrocytes is thought to play a major role in the pathology of severe malaria. As the sequence pool of the var genes encoding PfEMP1 expands there are opportunities, despite the high degree of sequence diversity demonstrated by this gene family, to reconstruct full-length var genes from small sequence tags generated from patient isolates. To test whether this is possible we have used a set of recently laboratory adapted ICAM-1-binding parasite isolates to generate sequence tags and, from these, to identify the full-length PfEMP1 being expressed by them. In a subset of the strains available we were able to produce validated, full-length var gene sequences and use these to conduct biophysical analyses of the ICAM-1 binding regions.
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影响因子：
--
作者：
Herricks, Thurston;Avril, Marion;Rathod, Pradipsinh K.
通讯作者：
Rathod, Pradipsinh K.
DOI：
10.1074/jbc.m112.416347
发表时间：
2013-02-22
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Brown A;Turner L;Christoffersen S;Andrews KA;Szestak T;Zhao Y;Larsen S;Craig AG;Higgins MK
通讯作者：
Higgins MK
影响因子：
3.6
作者：
Kraemer, SM;Smith, JD
通讯作者：
Smith, JD
影响因子：
4.4
作者：
Bengtsson, Anja;Joergensen, Louise;Jensen, Anja T. R.
通讯作者：
Jensen, Anja T. R.
影响因子：
64.5
作者：
BERENDT, AR;MCDOWALL, A;HOGG, N
通讯作者：
HOGG, N