Allelic imbalance metre (Allim), a new tool for measuring allele-specific gene expression with RNA-seq data.
Allelic imbalance metre (Allim), a new tool for measuring allele-specific gene expression with RNA-seq data.
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DOI：
10.1111/1755-0998.12110
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发表时间：
2013-07
影响因子：
7.7
通讯作者：
Schlötterer C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pandey RV;Franssen SU;Futschik A;Schlötterer C
估计等位基因之间的基因表达差异对于生物学和医学中的许多领域具有高度兴趣。在这里，我们提出了一个用户友好的软件工具，Allim，估计等位基因特异性基因表达。由于定位偏差是使用RNA-seq可靠估计等位基因特异性基因表达的主要问题，Allim结合了两种不同的策略来解释定位偏差。为了减少作图偏差，Allim首先生成一个多态性感知的参考基因组，该参考基因组解释等位基因之间的序列变异。然后，序列特异性模拟工具估计残余映射偏差。提供了等位基因不平衡的统计学检验，其可以与偏倚校正的RNA-seq数据一起使用。
Estimating differences in gene expression among alleles is of high interest for many areas in biology and medicine. Here, we present a user-friendly software tool, Allim, to estimate allele-specific gene expression. Because mapping bias is a major problem for reliable estimates of allele-specific gene expression using RNA-seq, Allim combines two different strategies to account for the mapping biases. In order to reduce the mapping bias, Allim first generates a polymorphism-aware reference genome that accounts for the sequence variation between the alleles. Then, a sequence-specific simulation tool estimates the residual mapping bias. Statistical tests for allelic imbalance are provided that can be used with the bias corrected RNA-seq data.
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