Understanding signalling networks as collections of signal transduction pathways
Understanding signalling networks as collections of signal transduction pathways
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将信号网络理解为信号转导途径的集合
DOI：
10.1145/1839764.1839775
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Donaldson R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Donaldson R
信令网络是一个控制细胞如何对其环境做出反应的反应网络。途径是“信号”通过网络的动态流动(信号转导)，例如从受体到转录因子的动态流动，使基因得以表达。本文介绍了一种计算信令网络中满足约束初始态、终态和中间态的简单性质的所有通路的方法。在信号转导方面，将该方法与基于PETRI网库所/变迁不变量和流量平衡分析的稳态观点进行了比较。我们将该方法应用于路径逻辑项目中正在开发的信令网络模型，并识别出敲除/抑制目标和常见的(路径)事件。这种方法还使我们能够更好地理解和形式化网络中路径之间的相互作用，例如识别限制对无关路径的影响的路径抑制目标。
A signalling network is a network of reactions that govern how a cell responds to its environment. A pathway is a dynamic flow of "signal" through the network (signal transduction), for example from a receptor to a transcription factor that enables expression of a gene. In this paper we introduce a method to compute all pathways in a signalling network that satisfy a simple property constraining initial, final and intermediate states. This method, concerned with signal transduction, is compared to the steady state view underlying Petri net place/transition invariants and flux balance analysis. We apply the method to the signalling network model being developed in the Pathway Logic project and identify knockout/inhibition targets and common (pathway) events. This approach also allows us to better understand and formalise the interaction between pathways in a network, for example to identifying pathway inhibition targets that limit the effect on unrelated pathways.
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