NeuCode Proteomics Reveals Bap1 Regulation of Metabolism.
NeuCode Proteomics Reveals Bap1 Regulation of Metabolism.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2016.05.096
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发表时间：
2016-07-12
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Dey A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baughman JM;Rose CM;Kolumam G;Webster JD;Wilkerson EM;Merrill AE;Rhoads TW;Noubade R;Katavolos P;Lesch J;Stapleton DS;Rabaglia ME;Schueler KL;Asuncion R;Domeyer M;Zavala-Solorio J;Reich M;DeVoss J;Keller MP;Attie AD;Hebert AS;Westphall MS;Coon JJ;Kirkpatrick DS;Dey A
我们介绍了中子编码（NeuCode）的氨基酸标记的小鼠作为一种策略，在体内进行多重蛋白质组学分析。使用NeuCode，我们表征了Bap1的诱导型敲除小鼠模型，Bap1是一种肿瘤抑制因子和去泛素化酶，其在癌症之外的体内作用尚未完全确立。NeuCode蛋白质组学揭示了Bap1缺失后代谢途径的改变，包括胆固醇生物合成机制的显著升高，同时肝脏中促凋亡蛋白和脂质稳态蛋白的表达降低。Bap1丢失增加胰腺炎生物标志物和减少线粒体蛋白的表达。这些改变伴随着低血糖、高胆固醇血症、肝脂质丢失和腺泡细胞变性的代谢重塑。肝脏特异性Bap1基因敲除小鼠表现为完全渗透性围产期致死、严重低血糖和肝脏脂质缺乏。这项工作揭示了Bap1作为肝脏和胰腺中的代谢调节因子，并建立了NeuCode作为破译体内生物学的可靠蛋白质组学方法。Baughman等人使用NeuCode体内标记在小鼠组织中进行多重定量。使用这种方法，再加上多种基因工程小鼠模型，他们证明了Bap1在维持肝脏和胰腺代谢稳态中的作用。
We introduce neutron-encoded (NeuCode) amino acid labeling of mice as a strategy for multiplexed proteomic analysis in vivo. Using NeuCode we characterize an inducible knock-out mouse model of Bap1, a tumor suppressor and deubiquitinase whose in vivo roles outside of cancer are not well established. NeuCode proteomics revealed altered metabolic pathways following Bap1 deletion, including profound elevation of cholesterol biosynthetic machinery coincident with reduced expression of gluconeogenic and lipid homeostasis proteins in the liver. Bap1 loss increased pancreatitis biomarkers and reduced expression of mitochondrial proteins. These alterations accompany a metabolic remodeling with hypoglycemia, hypercholesterolemia, hepatic lipid loss, and acinar cell degeneration. Liver-specific Bap1-null mice present with fully penetrant perinatal lethality, severe hypoglycemia and hepatic lipid deficiency. This work reveals Bap1 as a metabolic regulator in the liver and pancreas, and establishes NeuCode as a reliable proteomic method for deciphering in vivo biology. Baughman et al. use NeuCode in vivo labeling for multiplexed quantitation in mouse tissues. Using this approach, coupled with multiple genetically engineered mouse models, they demonstrate a role for Bap1 in maintaining metabolic homeostasis in the liver and pancreas.
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影响因子：
48
作者：
Hebert, Alexander S.;Merrill, Anna E.;Bailey, Derek J.;Still, Amelia J.;Westphall, Michael S.;Strieter, Eric R.;Pagliarini, David J.;Coon, Joshua J.
通讯作者：
Coon, Joshua J.
DOI：
10.1186/1745-7580-4-5
发表时间：
2008-04-29
期刊：
Immunome research
影响因子：
--
作者：
Lattin JE;Schroder K;Su AI;Walker JR;Zhang J;Wiltshire T;Saijo K;Glass CK;Hume DA;Kellie S;Sweet MJ
通讯作者：
Sweet MJ
DOI：
10.1126/science.1194472
发表时间：
2010-12-03
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Harbour JW;Onken MD;Roberson ED;Duan S;Cao L;Worley LA;Council ML;Matatall KA;Helms C;Bowcock AM
通讯作者：
Bowcock AM
DOI：
10.1083/jcb.201501101
发表时间：
2015-03-30
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Bond MR;Hanover JA
通讯作者：
Hanover JA
影响因子：
8.8
作者：
Lawrence RT;Perez EM;Hernández D;Miller CP;Haas KM;Irie HY;Lee SI;Blau CA;Villén J
通讯作者：
Villén J