Exome sequencing in the knockin mice generated using the CRISPR/Cas system.
Exome sequencing in the knockin mice generated using the CRISPR/Cas system.
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DOI：
10.1038/srep34703
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发表时间：
2016-10-04
影响因子：
4.6
通讯作者：
Kato T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nakajima K;Kazuno AA;Kelsoe J;Nakanishi M;Takumi T;Kato T
携带点突变的 Knockin (KI) 小鼠已成为疾病建模和分析的宝贵工具。使用 CRISPR/Cas 系统的基因组编辑技术已成为创建 KI 小鼠的替代方法。然而，如果小鼠在其他基因中携带核苷酸插入和/或缺失（InDels），这可能是在 KI 小鼠品系建立过程中无意发生的，并且可能比点突变产生更大的影响，这将混淆 KI 小鼠的表型分析。在本研究中，我们对使用 CRISPR/Cas 系统生成的多个 F1 杂合 Ntrk1 KI 小鼠品系进行了全外显子组测序，并与用作对照的野生型小鼠进行了比较。我们在四只 KI 小鼠中发现了 3 个 InDels，但在对照小鼠中没有发现。体外消化测定表明，每个 InDel 作为从头突变发生，是从亲本小鼠继承的，或者是通过 Cas9 核酸酶介导的脱靶切割掺入的。这些结果表明，在 CRISPR/Cas 技术产生的 KI 小鼠中发现的 InDels 频率不高，但不能忽视，需要仔细评估这些突变。
Knockin (KI) mouse carrying a point mutation has been an invaluable tool for disease modeling and analysis. Genome editing technologies using the CRISPR/Cas system has emerged as an alternative way to create KI mice. However, if the mice carry nucleotide insertions and/or deletions (InDels) in other genes, which could have unintentionally occurred during the establishment of the KI mouse line and potentially have larger impact than a point mutation, it would confound phenotyping of the KI mice. In this study, we performed whole exome sequencing of multiple lines of F1 heterozygous Ntrk1 KI mice generated using the CRISPR/Cas system in comparison to that of a wild-type mouse used as a control. We found three InDels in four KI mice but not in a control mouse. In vitro digestion assay suggested that each InDel occurred as a de novo mutation, was carried-over from the parental mice, or was incorporated through the Cas9 nuclease mediated off-target cleavage. These results suggest that frequency of InDels found in KI mice generated by the CRISPR/Cas technology is not high, but cannot be neglected and careful assessment of these mutations is warranted.
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影响因子：
7
作者：
Uchimura A;Higuchi M;Minakuchi Y;Ohno M;Toyoda A;Fujiyama A;Miura I;Wakana S;Nishino J;Yagi T
通讯作者：
Yagi T
影响因子：
2.6
作者：
Lee, Angus Yiu-fai;Lloyd, Kevin C. Kent
通讯作者：
Lloyd, Kevin C. Kent
影响因子：
46.9
作者：
Gabriel, Richard;Lombardo, Angelo;von Kalle, Christof
通讯作者：
von Kalle, Christof
DOI：
10.1073/pnas.1218721110
发表时间：
2013-03-05
影响因子：
11.1
作者：
Wefers, Benedikt;Meyer, Melanie;Kuehn, Ralf
通讯作者：
Kuehn, Ralf
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--