DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases.
DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases.
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DOI：
10.1038/nbt.2647
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发表时间：
2013-09
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
化脓性链球菌Cas9（SpCas9）核酸酶可通过单向导RNA（sgRNA）有效地靶向基因组位点，从而实现基因组编辑。在此，我们对SpCas9在人类细胞中的靶向特异性进行了表征，以便为靶位点的选择提供信息并避免脱靶效应。我们的研究评估了700多种导向RNA变体以及SpCas9在293T和293FT细胞中100多个预测的基因组脱靶位点诱导的插入缺失突变水平。我们发现SpCas9以序列依赖的方式耐受导向RNA和靶DNA在不同位置的错配，对错配的数量、位置和分布敏感。我们还表明，SpCas9介导的切割不受DNA甲基化的影响，并且可以调整SpCas9和sgRNA的剂量以将脱靶修饰降至最低。为了促进哺乳动物基因组工程应用，我们提供了一个基于网络的软件工具，用于指导靶序列的选择和验证以及脱靶分析。
The Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9) nuclease can be efficiently targeted to genomic loci by means of singleguide RNAs (sgRNAs) to enable genome editing. Here, we characterize SpCas9 targeting specificity in human cells to inform the selection of target sites and avoid off-target effects. Our study evaluates >700 guide RNA variants and SpCas9-induced indel mutation levels at >100 predicted genomic off-target loci in 293T and 293FT cells. We find that SpCas9 tolerates mismatches between guide RNA and target DNA at different positions in a sequence-dependent manner, sensitive to the number, position and distribution of mismatches. We also show that SpCas9-mediated cleavage is unaffected by DNA methylation and that the dosage of SpCas9 and sgRNA can be titrated to minimize off-target modification. To facilitate mammalian genome engineering applications, we provide a web-based software tool to guide the selection and validation of target sequences as well as off-target analyses.
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DOI：
10.1073/pnas.1019533108
发表时间：
2011-02-08
影响因子：
11.1
作者：
Mahfouz, Magdy M.;Li, Lixin;Zhu, Jian-Kang
通讯作者：
Zhu, Jian-Kang
影响因子：
4.8
作者：
Bobis-Wozowicz, Sylwia;Osiak, Anna;Cathomen, Toni
通讯作者：
Cathomen, Toni
影响因子：
56.9
作者：
Jinek, Martin;Chylinski, Krzysztof;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle
影响因子：
46.9
作者：
Cho, Seung Woo;Kim, Sojung;Kim, Jin-Soo
通讯作者：
Kim, Jin-Soo
通过反式编码的小 RNA 和宿主因子 RNase III 进行 CRISPR RNA 成熟。
影响因子：
64.8
作者：
Deltcheva, Elitza;Chylinski, Krzysztof;Sharma, Cynthia M.;Gonzales, Karine;Chao, Yanjie;Pirzada, Zaid A.;Eckert, Maria R.;Vogel, Joerg;Charpentier, Emmanuelle
通讯作者：
Charpentier, Emmanuelle