Targeted amplicon sequencing (TAS): a scalable next-gen approach to multilocus, multitaxa phylogenetics.
Targeted amplicon sequencing (TAS): a scalable next-gen approach to multilocus, multitaxa phylogenetics.
复制标题
DOI：
10.1093/gbe/evr106
复制
发表时间：
2011
影响因子：
3.3
通讯作者：
Crandall KA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bybee SM;Bracken-Grissom H;Haynes BD;Hermansen RA;Byers RL;Clement MJ;Udall JA;Wilcox ER;Crandall KA
下一代测序技术彻底改变了遗传研究中的数据收集，并将基因组生物学推向了新的前沿。然而，到目前为止，下一代技术主要用于全基因组测序和转录组测序。然而，在群体遗传学和系统学中的许多问题依赖于已知功能或多样性水平的特定基因的测序。在这里，我们描述了一个有针对性的扩增子测序（TAS）的方法，利用下一代的能力，从大量的样品中测序大量的靶基因区域。我们的TAS方法易于扩展，执行简单，既不耗时也不耗力，相对便宜，并且可以应用于多种多样的生物体和/或基因。我们的TAS方法包括一个生物信息学应用程序BarcodeCrucher，用于获取原始的下一代序列读数并执行质量控制检查，并将数据转换为按基因和样本组织的FASTA格式，为系统发育分析做好准备。我们展示了我们的方法，通过测序已知的系统发育效用的靶基因，以估计一个pancrustacea基因。我们使用68个不同的10-bp多重标识符从44个分类群生成数据。所产生的数据的总体质量是稳健的，并为生育率估计提供了信息。这种方法从单个454板产生大量数据的潜力（例如，24个基因座的325个分类群）显著降低了传统桑格测序产生的测序费用。我们进一步讨论了这种方法的优点和缺点，同时提供建议，以加强这种方法。
Next-gen sequencing technologies have revolutionized data collection in genetic studies and advanced genome biology to novel frontiers. However, to date, next-gen technologies have been used principally for whole genome sequencing and transcriptome sequencing. Yet many questions in population genetics and systematics rely on sequencing specific genes of known function or diversity levels. Here, we describe a targeted amplicon sequencing (TAS) approach capitalizing on next-gen capacity to sequence large numbers of targeted gene regions from a large number of samples. Our TAS approach is easily scalable, simple in execution, neither time-nor labor-intensive, relatively inexpensive, and can be applied to a broad diversity of organisms and/or genes. Our TAS approach includes a bioinformatic application, BarcodeCrucher, to take raw next-gen sequence reads and perform quality control checks and convert the data into FASTA format organized by gene and sample, ready for phylogenetic analyses. We demonstrate our approach by sequencing targeted genes of known phylogenetic utility to estimate a phylogeny for the Pancrustacea. We generated data from 44 taxa using 68 different 10-bp multiplexing identifiers. The overall quality of data produced was robust and was informative for phylogeny estimation. The potential for this method to produce copious amounts of data from a single 454 plate (e.g., 325 taxa for 24 loci) significantly reduces sequencing expenses incurred from traditional Sanger sequencing. We further discuss the advantages and disadvantages of this method, while offering suggestions to enhance the approach.
登录
查看更多内容
影响因子：
10.7
作者：
Castresana, J
通讯作者：
Castresana, J
DOI：
10.1002/ajmg.b.31053
发表时间：
2010-06-05
影响因子：
2.8
作者：
Kauwe, J. S. K.;Bertelsen, S.;Mayo, K.;Cruchaga, C.;Abraham, R.;Hollingworth, P.;Harold, D.;Owen, M. J.;Williams, J.;Lovestone, S.;Morris, J. C.;Goate, A. M.
通讯作者：
Goate, A. M.
影响因子：
12.3
作者：
Lennon NJ;Lintner RE;Anderson S;Alvarez P;Barry A;Brockman W;Daza R;Erlich RL;Giannoukos G;Green L;Hollinger A;Hoover CA;Jaffe DB;Juhn F;McCarthy D;Perrin D;Ponchner K;Powers TL;Rizzolo K;Robbins D;Ryan E;Russ C;Sparrow T;Stalker J;Steelman S;Weiand M;Zimmer A;Henn MR;Nusbaum C;Nicol R
通讯作者：
Nicol R
DOI：
10.1073/pnas.0503123102
发表时间：
2005-06-07
影响因子：
11.1
作者：
Kress, WJ;Wurdack, KJ;Janzen, DH
通讯作者：
Janzen, DH
影响因子：
14.9
作者：
Katoh K;Kuma K;Toh H;Miyata T
通讯作者：
Miyata T