Windows .NET Network Distributed Basic Local Alignment Search Toolkit (W.ND-BLAST).
Windows .NET Network Distributed Basic Local Alignment Search Toolkit (W.ND-BLAST).
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Windows .NET网络分布式基本本地对齐搜索工具包（W.ND-Blast）。
DOI：
10.1186/1471-2105-6-93
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发表时间：
2005-04-08
影响因子：
3
通讯作者：
Payton, PR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dowd, SE;Zaragoza, J;Rodriguez, JR;Oliver, MJ;Payton, PR
BLAST 是遗传研究中最常见和最有用的工具之一。本文介绍了一个我们称为 Windows .NET 分布式基本本地对齐搜索工具包 (W.ND-BLAST) 的软件应用程序，它通过提高 Windows 桌面环境中的可用性、故障恢复和可扩展性来增强 BLAST 实用程序。我们的目标是开发一种易于使用、容错、高吞吐量的 BLAST 解决方案，其中包含具有管理和注释功能的综合 BLAST 结果查看器。 W.ND-BLAST 是一个基于 Windows 的综合软件工具包，面向研究人员（包括具有最低计算机技能的人员），并通过将 BLAST 查询分布到局域网 (LAN) 上任意数量的基于 Windows 的计算机来提高 BLAST 的性能。 W.ND-BLAST 提供直观的图形用户界面 (GUI)，用于 BLAST 数据库创建、BLAST 执行、BLAST 输出评估和 BLAST 结果导出。该软件还提供多层容错和故障恢复，以防止节点或主机发生故障时丢失数据。本文阐述了 W.ND-BLAST 的功能。当将任务分配给 12 台相同性能等级的远程计算机时，W.ND-BLAST 显示出接近 100% 的性能效率。一项高吞吐量 BLAST 作业在一台普通机器上需要 662.68 分钟（11 小时），而当分发到 17 个节点（其中包括性能等级较低的机器）时，只需 44.97 分钟即可完成。最后，还有一个全面的高吞吐量 BLAST 输出查看器 (BOV) 和注释引擎组件，可将 BLAST 命中全面导出到文本文件、带注释的 fasta 文件、表格或关联文件。 W.ND-BLAST 提供了一种交互式工具，使科学家能够轻松利用可用的计算资源进行高通量和全面的序列分析。 W.ND-BLAST 的安装包可以从 中免费下载。注册后，该软件是免费的，并提供安装、网络和使用说明以及支持论坛。
BLAST is one of the most common and useful tools for Genetic Research. This paper describes a software application we have termed Windows .NET Distributed Basic Local Alignment Search Toolkit (W.ND-BLAST), which enhances the BLAST utility by improving usability, fault recovery, and scalability in a Windows desktop environment. Our goal was to develop an easy to use, fault tolerant, high-throughput BLAST solution that incorporates a comprehensive BLAST result viewer with curation and annotation functionality. W.ND-BLAST is a comprehensive Windows-based software toolkit that targets researchers, including those with minimal computer skills, and provides the ability increase the performance of BLAST by distributing BLAST queries to any number of Windows based machines across local area networks (LAN). W.ND-BLAST provides intuitive Graphic User Interfaces (GUI) for BLAST database creation, BLAST execution, BLAST output evaluation and BLAST result exportation. This software also provides several layers of fault tolerance and fault recovery to prevent loss of data if nodes or master machines fail. This paper lays out the functionality of W.ND-BLAST. W.ND-BLAST displays close to 100% performance efficiency when distributing tasks to 12 remote computers of the same performance class. A high throughput BLAST job which took 662.68 minutes (11 hours) on one average machine was completed in 44.97 minutes when distributed to 17 nodes, which included lower performance class machines. Finally, there is a comprehensive high-throughput BLAST Output Viewer (BOV) and Annotation Engine components, which provides comprehensive exportation of BLAST hits to text files, annotated fasta files, tables, or association files. W.ND-BLAST provides an interactive tool that allows scientists to easily utilizing their available computing resources for high throughput and comprehensive sequence analyses. The install package for W.ND-BLAST is freely downloadable from . With registration the software is free, installation, networking, and usage instructions are provided as well as a support forum.
影响因子：
5.8
作者：
Grant, JD;Dunbrack, RL;Ochs, MF
通讯作者：
Ochs, MF
影响因子：
14.9
作者：
Altschul, SF;Madden, TL;Lipman, DJ
通讯作者：
Lipman, DJ
影响因子：
5.6
作者：
ALTSCHUL, SF;GISH, W;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ