EpiFire: An open source C++ library and application for contact network epidemiology.
EpiFire: An open source C++ library and application for contact network epidemiology.
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DOI：
10.1186/1471-2105-13-76
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发表时间：
2012-05-04
影响因子：
3
通讯作者：
Meyers LA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hladish T;Melamud E;Barrera LA;Galvani A;Meyers LA
接触网络模型在流行病学中越来越普遍，但我们缺乏一个灵活的编程框架来生成和分析流行病学接触网络，并模拟疾病通过这种网络的传播。在这里，我们提出了EpiFire，应用程序编程接口和图形用户界面在C++中实现，其中包括一个快速，高效的库生成，分析和操纵网络。基于网络的渗流和链二项式模拟的易感染-恢复疾病传播，以及传统的非网络大规模行动模拟，可以使用EpiFire执行。EpiFire提供了一个开源编程接口，用于快速开发网络模型，重点是接触网络流行病学。EpiFire还提供了一个点击式界面，用于生成网络、进行流行病模拟和创建图形。这个界面作为教学工具特别有用。
Contact network models have become increasingly common in epidemiology, but we lack a flexible programming framework for the generation and analysis of epidemiological contact networks and for the simulation of disease transmission through such networks. Here we present EpiFire, an applications programming interface and graphical user interface implemented in C++, which includes a fast and efficient library for generating, analyzing and manipulating networks. Network-based percolation and chain-binomial simulations of susceptible-infected-recovered disease transmission, as well as traditional non-network mass-action simulations, can be performed using EpiFire. EpiFire provides an open-source programming interface for the rapid development of network models with a focus in contact network epidemiology. EpiFire also provides a point-and-click interface for generating networks, conducting epidemic simulations, and creating figures. This interface is particularly useful as a pedagogical tool.
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影响因子：
3.7
作者：
Dimitrov NB;Goll S;Hupert N;Pourbohloul B;Meyers LA
通讯作者：
Meyers LA
影响因子：
3.7
作者：
LEATH, PL
通讯作者：
LEATH, PL
影响因子：
4.3
作者：
Chao DL;Halloran ME;Obenchain VJ;Longini IM Jr
通讯作者：
Longini IM Jr
DOI：
10.1073/pnas.0610772104
发表时间：
2007-02-06
影响因子：
11.1
作者：
Duarte, Natalie C.;Becker, Scott A.;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
影响因子：
4.4
作者：
Bearman, PS;Moody, J;Stovel, K
通讯作者：
Stovel, K