Ein homogener Assay der microRNA‐Reifung
Ein homogener Assay der microRNA‐Reifung
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microRNA-Reifung 均质化分析
DOI:
10.1002/ange.200601332
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发表时间:
2006
影响因子:
--
通讯作者:
C. Arenz
中科院分区:
文献类型:
--
作者:
Brian P. Davies;C. Arenz
Um die Eignung der Reaktion für Screenings im Hochdurchsatzverfahren zu demonstrieren, wurden alle weiteren Experimente in handelsüblichen Mikrotiterplatten mit 96 Vertiefungen durchgeführt. Als nächstes wollten wir testen, ob statt des gereinigten rekombinanten Dicer-Enzyms auch Zelllysate als Enzymquelle eingesetzt werden können. Dies hätte den Vorteil, den homogenen Assay unter realistischeren Bedingungen durchzuführen, da Dicer in zellulärer Umgebung mit weiteren Proteinen wie TRBP (transactivating response binding protein) wechselwirkt. TRBP erhöht nicht nur die Geschwindigkeit der Dicer-vermittelten RNA-Hydrolyse in vitro, sondern es ist auch wesentlich für die korrekte zelluläre Funktion der miRNAs.[12] Um eine mögliche unspezifische Hydrolyse durch eine andere RNAse zu verhindern, wurde der Reaktionsansatz zusätzlich mit RNAse-Inhibitor versetzt. Wie erwartet führte die Zugabe von 10% HEK-293-Zelllysat zu unserer Sonde zu einem besonders schnellen Anstieg der Fluoreszenz, der durch unterschiedliche Konzentrationen an RNAse-Inhibitor nicht beeinflusst wurde. Der Zusatz von RNAse-Inhibitor führte auch beim Einsatz von gereinigtem rekombinantem Dicer zu keinerlei Inhibition der hydrolytischen Aktivität. Die Selektivität des RNAse-Inhibitors kann dadurch erklärt werden, dass Dicer als Ribonuclease der Klasse III nur geringe ¾hnlichkeit zu zB RNAse A hat, die zur Klasse I der RNAsen gezählt wird. Vorheriges Erhitzen des Zelllysats oder die Zugabe von Erbium (III)-chlorid, einem Inhibitor von Dicer,[13] hingegen führten dazu, dass die Fluoreszenz konstant auf dem Basiswert blieb.[14]Zur Beantwortung der Frage, ob die Sonde sich prinzipiell für die Identifizierung von Inhibitoren der miRNA-Reifung eignet, wurde der Reaktionsansatz jeweils mit unterschiedlichen potenziellen prä-miRNA-Liganden versetzt. Das Aminoglycosidantibiotikum Kanamycin bindet bevorzugt an bakterielle ribosomale 70S-RNA.[15] In einer Konzentration von 100 μm zeigte Kanamycin eine etwa 40-proz. Reduktion des Fluoreszenzanstiegs verglichen mit der Referenzreaktion. Da Dicer die inhärente Eigenschaft zur Bindung von miRNAs aufweist, haben wir drei von der Dicer-Aminosäuresequenz abgeleitete Dodecapeptide als potenzielle Binder
影响因子:
158.5
作者:
Calin, GA;Ferracin, M;Croce, CM
通讯作者:
Croce, CM
影响因子:
50.3
作者:
Yanaihara, N;Caplen, N;Harris, CC
通讯作者:
Harris, CC