Convergent genomic signatures of high-altitude adaptation among domestic mammals.
Convergent genomic signatures of high-altitude adaptation among domestic mammals.
复制标题
家养哺乳动物高海拔适应的趋同基因组特征
DOI：
10.1093/nsr/nwz213
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发表时间：
2020-06
影响因子：
20.6
通讯作者：
Zhang YP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu DD;Yang CP;Wang MS;Dong KZ;Yan DW;Hao ZQ;Fan SQ;Chu SZ;Shen QS;Jiang LP;Li Y;Zeng L;Liu HQ;Xie HB;Ma YF;Kong XY;Yang SL;Dong XX;Esmailizadeh A;Irwin DM;Xiao X;Li M;Dong Y;Wang W;Shi P;Li HP;Ma YH;Gou X;Chen YB;Zhang YP
生活在青藏高原的丰富多样的家养哺乳动物为研究适应性进化和遗传趋同提供了有用的材料。在这里，我们使用了生活在高海拔和低海拔地区的马、绵羊、山羊、牛、猪和狗的 327 个基因组（其中包括为本研究生成的 73 个基因组）来解开家养哺乳动物局部适应的遗传机制。尽管分子趋同在DNA序列水平上相对罕见，但我们在基因水平上发现了正选择的趋同特征，特别是这些西藏家养哺乳动物中的EPAS1基因。我们还报告了基因 C10orf67 响应缺氧的潜在功能，该基因在三种家养哺乳动物中经历了正选择。我们的数据提供了对高海拔家养哺乳动物的适应性进化的深入了解，并且应该有助于寻找参与缺氧反应途径的其他新基因。
Abundant and diverse domestic mammals living on the Tibetan Plateau provide useful materials for investigating adaptive evolution and genetic convergence. Here, we used 327 genomes from horses, sheep, goats, cattle, pigs and dogs living at both high and low altitudes, including 73 genomes generated for this study, to disentangle the genetic mechanisms underlying local adaptation of domestic mammals. Although molecular convergence is comparatively rare at the DNA sequence level, we found convergent signature of positive selection at the gene level, particularly the EPAS1 gene in these Tibetan domestic mammals. We also reported a potential function in response to hypoxia for the gene C10orf67, which underwent positive selection in three of the domestic mammals. Our data provide an insight into adaptive evolution of high-altitude domestic mammals, and should facilitate the search for additional novel genes involved in the hypoxia response pathway.
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DOI：
10.1126/science.1252806
发表时间：
2014-06-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jiang Y;Xie M;Chen W;Talbot R;Maddox JF;Faraut T;Wu C;Muzny DM;Li Y;Zhang W;Stanton JA;Brauning R;Barris WC;Hourlier T;Aken BL;Searle SMJ;Adelson DL;Bian C;Cam GR;Chen Y;Cheng S;DeSilva U;Dixen K;Dong Y;Fan G;Franklin IR;Fu S;Guan R;Highland MA;Holder ME;Huang G;Ingham AB;Jhangiani SN;Kalra D;Kovar CL;Lee SL;Liu W;Liu X;Lu C;Lv T;Mathew T;McWilliam S;Menzies M;Pan S;Robelin D;Servin B;Townley D;Wang W;Wei B;White SN;Yang X;Ye C;Yue Y;Zeng P;Zhou Q;Hansen JB;Kristensen K;Gibbs RA;Flicek P;Warkup CC;Jones HE;Oddy VH;Nicholas FW;McEwan JC;Kijas J;Wang J;Worley KC;Archibald AL;Cockett N;Xu X;Wang W;Dalrymple BP
通讯作者：
Dalrymple BP
DOI：
10.1073/pnas.1002443107
发表时间：
2010-06-22
影响因子：
11.1
作者：
Beall, Cynthia M.;Cavalleri, Gianpiero L.;Zheng, Yong Tang
通讯作者：
Zheng, Yong Tang
影响因子：
0.4
作者：
Han, J. L.;Yang, M.;Yang, B. H.
通讯作者：
Yang, B. H.
影响因子：
7
作者：
Akey, JM;Zhang, G;Shriver, MD
通讯作者：
Shriver, MD
影响因子：
64.5
作者：
Grossman SR;Andersen KG;Shlyakhter I;Tabrizi S;Winnicki S;Yen A;Park DJ;Griesemer D;Karlsson EK;Wong SH;Cabili M;Adegbola RA;Bamezai RN;Hill AV;Vannberg FO;Rinn JL;1000 Genomes Project;Lander ES;Schaffner SF;Sabeti PC
通讯作者：
Sabeti PC