Direct observation of cotranscriptional folding in an adenine riboswitch.
Direct observation of cotranscriptional folding in an adenine riboswitch.
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DOI：
10.1126/science.1225722
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发表时间：
2012-10-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Block SM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Frieda KL;Block SM
生长的RNA链在RNA聚合酶（RNAP）合成时共转录折叠。核糖开关通过改变RNA折叠来调节基因表达，对共转录事件敏感。我们开发了一种光学捕获测定法来跟踪新生RNA的共转录折叠，并用它来监测pbuE腺嘌呤核糖开关的单个转录物，可视化不同的折叠转换。我们报告了核糖开关适体的存在指导基因调控转录结果的一个特定的折叠签名，我们测量了终止频率作为腺嘌呤水平和施加到RNA的张力的函数。我们的研究结果表明，结果是动力学控制。这些实验提供了一种手段来观察构象转换在真实的时间，并使精确映射的事件在共转录折叠。
Growing RNA chains fold cotranscriptionally as they are synthesized by RNA polymerase (RNAP). Riboswitches, which regulate gene expression by adopting alternative RNA folds, are sensitive to cotranscriptional events. We developed an optical-trapping assay to follow the cotranscriptional folding of a nascent RNA, and used it to monitor individual transcripts of the pbuE adenine riboswitch, visualizing distinct folding transitions. We report a particular folding signature for the riboswitch aptamer whose presence directs the gene-regulatory transcription outcome, and we measured the termination frequency as a function of adenine level and tension applied to the RNA. Our results demonstrate that the outcome is kinetically controlled. These experiments furnish a means to observe conformational switching in real time, and enable the precise mapping of events during cotranscriptional folding.
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影响因子：
3.2
作者：
Rieder, Renate;Lang, Kathrin;Micura, Ronald
通讯作者：
Micura, Ronald
影响因子：
4.5
作者：
Lemay JF;Desnoyers G;Blouin S;Heppell B;Bastet L;St-Pierre P;Massé E;Lafontaine DA
通讯作者：
Lafontaine DA
影响因子：
2.9
作者：
MONFORTE, JA;KAHN, JD;HEARST, JE
通讯作者：
HEARST, JE
DOI：
10.1073/pnas.96.17.9545
发表时间：
1999-08-17
影响因子：
11.1
作者：
Pan, T;Artsimovitch, I;Sosnick, TR
通讯作者：
Sosnick, TR
影响因子：
16.8
作者：
Mandal, M;Breaker, RR
通讯作者：
Breaker, RR