cognac: rapid generation of concatenated gene alignments for phylogenetic inference from large, bacterial whole genome sequencing datasets.
cognac: rapid generation of concatenated gene alignments for phylogenetic inference from large, bacterial whole genome sequencing datasets.
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DOI：
10.1186/s12859-021-03981-4
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发表时间：
2021-02-15
影响因子：
3
通讯作者：
Snitkin ES
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Crawford RD;Snitkin ES
基因组数据的数量正在以越来越快的速度增长。系统发育分析工具需要与可用数据量相适应。为了满足这一需求，我们提出了cognac，一个用户友好的软件包，以快速生成串联基因序列进行系统发育分析。我们证明，cognac能够使用数据驱动的方法快速识别系统发育标记基因，并有效地为非常大的基因组数据集生成串联基因比对。为了对我们的工具进行基准测试，我们对8个独特的细菌属进行了核心基因比对，其中包括来自埃希氏菌属的11,000多个基因组的数据集，在不到17小时的时间内构建了1353个基因的比对。我们证明了干邑是一种有效的方法，可以生成用于系统发育分析的串联基因比对。我们已经将cognac作为一个R包（https://github.com/rdcrawford/cognac）发布，其中包含可定制的参数，以适应不同的应用程序。
The quantity of genomic data is expanding at an increasing rate. Tools for phylogenetic analysis which scale to the quantity of available data are required. To address this need, we present cognac, a user-friendly software package to rapidly generate concatenated gene alignments for phylogenetic analysis. We illustrate that cognac is able to rapidly identify phylogenetic marker genes using a data driven approach and efficiently generate concatenated gene alignments for very large genomic datasets. To benchmark our tool, we generated core gene alignments for eight unique genera of bacteria, including a dataset of over 11,000 genomes from the genus Escherichia producing an alignment with 1353 genes, which was constructed in less than 17 h. We demonstrate that cognac presents an efficient method for generating concatenated gene alignments for phylogenetic analysis. We have released cognac as an R package (https://github.com/rdcrawford/cognac) with customizable parameters for adaptation to diverse applications.
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影响因子：
9.5
作者：
Katoh K;Rozewicki J;Yamada KD
通讯作者：
Yamada KD
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
5.8
作者：
Page, Andrew J.;Cummins, Carla A.;Parkhill, Julian
通讯作者：
Parkhill, Julian
影响因子：
4.4
作者：
Dettman JR;Sztepanacz JL;Kassen R
通讯作者：
Kassen R
影响因子：
7
作者：
Parks DH;Imelfort M;Skennerton CT;Hugenholtz P;Tyson GW
通讯作者：
Tyson GW