A comprehensive map of genome-wide gene regulation in Mycobacterium tuberculosis.
A comprehensive map of genome-wide gene regulation in Mycobacterium tuberculosis.
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DOI：
10.1038/sdata.2015.10
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Baliga, Nitin S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Turkarslan, Serdar;Peterson, Eliza J. R.;Rustad, Tige R.;Minch, Kyle J.;Reiss, David J.;Morrison, Robert;Ma, Shuyi;Price, Nathan D.;Sherman, David R.;Baliga, Nitin S.
结核分枝杆菌 (MTB) 是一种致病菌，导致全球 1200 万活跃结核病 (TB) 病例。尽管进行了大量的研究工作，但对 MTB 致病性的复杂性和关键调控成分仍然知之甚少。在这项研究中，我们构建了 MTB 中转录因子 (TF) 结合位点及其调控靶蛋白的第一个系统规模图。我们为 MTB 中的 206 个 TF 构建了 FLAG 标记的过表达构建体，使用 ChIP-seq 来识别全基因组结合事件，并调查了每个过表达 TF 的全局转录组变化。在这里，我们提供迄今为止最全面的 MTB 基因调控图谱的数据。我们还定义了精细的质量控制措施、广泛的过滤步骤以及 ChIP-seq 和微阵列数据集之间的基因水平重叠。此外，我们描述了使用 TF 过表达数据集来验证 MTB 的全球基因调控网络模型，并描述了探索数据集的在线资源。
Mycobacterium tuberculosis (MTB) is a pathogenic bacterium responsible for 12 million active cases of tuberculosis (TB) worldwide. The complexity and critical regulatory components of MTB pathogenicity are still poorly understood despite extensive research efforts. In this study, we constructed the first systems-scale map of transcription factor (TF) binding sites and their regulatory target proteins in MTB. We constructed FLAG-tagged overexpression constructs for 206 TFs in MTB, used ChIP-seq to identify genome-wide binding events and surveyed global transcriptomic changes for each overexpressed TF. Here we present data for the most comprehensive map of MTB gene regulation to date. We also define elaborate quality control measures, extensive filtering steps, and the gene-level overlap between ChIP-seq and microarray datasets. Further, we describe the use of TF overexpression datasets to validate a global gene regulatory network model of MTB and describe an online source to explore the datasets.
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影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Goto S;Sato Y;Furumichi M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
影响因子：
3
作者：
Feng X;Grossman R;Stein L
通讯作者：
Stein L
影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Cavanaugh M;Clark K;Karsch-Mizrachi I;Ostell J;Pruitt KD;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
3.2
作者：
Lew, Jocelyne M.;Kapopoulou, Adamandia;Cole, Stewart T.
通讯作者：
Cole, Stewart T.
DOI：
10.1074/mcp.m112.018846
发表时间：
2013-05
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Albrethsen J;Agner J;Piersma SR;Højrup P;Pham TV;Weldingh K;Jimenez CR;Andersen P;Rosenkrands I
通讯作者：
Rosenkrands I