An update on LNCipedia: a database for annotated human lncRNA sequences.
An update on LNCipedia: a database for annotated human lncRNA sequences.
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DOI：
10.1093/nar/gku1060
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mestdagh P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Volders PJ;Verheggen K;Menschaert G;Vandepoele K;Martens L;Vandesompele J;Mestdagh P
人基因组被普遍转录，产生数千个非编码RNA转录本。这些转录本的大多数是长的非编码RNA（LNCRNA），并且在快速速度下正在鉴定出新的LNCRNA基因。为了简化这些努力，我们创建了Lncipedia，这是一个在线lncrna成绩单和注释的在线存储库。在这里，我们介绍了Lncipedia 3.0（http://www.lncipedia.org），这是最新版本的公开版本的人类LNCRNA数据库。与以前版本的LNCipedia相比，数据库的大小超过五倍，增长了90 000多个新的LNCRNA转录本。通过最先进的方法，包括大规模重新处理公开可用的蛋白质组学数据，可以改善对LNCIPEDIA条目的蛋白质编码潜力的评估。结果，定义了一组具有低编码潜力的LNCRNA转录本，并可以下载。此外，已经实施了一种评估人，小鼠和斑马鱼之间的LNCRNA基因保守性的工具。
The human genome is pervasively transcribed, producing thousands of non-coding RNA transcripts. The majority of these transcripts are long non-coding RNAs (lncRNAs) and novel lncRNA genes are being identified at rapid pace. To streamline these efforts, we created LNCipedia, an online repository of lncRNA transcripts and annotation. Here, we present LNCipedia 3.0 (http://www.lncipedia.org), the latest version of the publicly available human lncRNA database. Compared to the previous version of LNCipedia, the database grew over five times in size, gaining over 90 000 new lncRNA transcripts. Assessment of the protein-coding potential of LNCipedia entries is improved with state-of-the art methods that include large-scale reprocessing of publicly available proteomics data. As a result, a high-confidence set of lncRNA transcripts with low coding potential is defined and made available for download. In addition, a tool to assess lncRNA gene conservation between human, mouse and zebrafish has been implemented.
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Dinger ME;Pang KC;Mercer TR;Mattick JS
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Flicek P;Ahmed I;Amode MR;Barrell D;Beal K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fairley S;Fitzgerald S;Gil L;García-Girón C;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Komorowska M;Kulesha E;Longden I;Maurel T;McLaren WM;Muffato M;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ritchie GR;Ruffier M;Schuster M;Sheppard D;Sobral D;Taylor K;Thormann A;Trevanion S;White S;Wilder SP;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Dunham I;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Johnson N;Kinsella R;Parker A;Spudich G;Yates A;Zadissa A;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
14.9
作者：
Hubbard, T;Barker, D;Clamp, M
通讯作者：
Clamp, M