PRECISION.array: An R Package for Benchmarking microRNA Array Data Normalization in the Context of Sample Classification.
PRECISION.array: An R Package for Benchmarking microRNA Array Data Normalization in the Context of Sample Classification.
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DOI：
10.3389/fgene.2022.838679
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发表时间：
2022
影响因子：
3.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
我们提出了一个新的R包PRECISION.array，用于评估与样本分类方法相关的数据归一化方法的性能。它包括同一组肿瘤样本的两个microRNA微阵列数据集：一个基于重新采样的算法，用于在各种样本到阵列分配和信噪比水平的设计下模拟额外的配对数据集，以及一系列用于方法性能评估的数值和图形工具。该软件包允许用户指定自己的标准化和分类方法，此外还实现了三种训练数据标准化方法，七种测试数据标准化方法，七种分类器训练方法和两种分类器验证方法。它能够客观和系统地评估microRNA微阵列中标准化和分类方法的操作特性。据我们所知，这是第一个可用的此类工具。R包可以从https://github.com/LXQin/PRECISION.array免费下载。
We present a new R package PRECISION.array for assessing the performance of data normalization methods in connection with methods for sample classification. It includes two microRNA microarray datasets for the same set of tumor samples: a re-sampling-based algorithm for simulating additional paired datasets under various designs of sample-to-array assignment and levels of signal-to-noise ratios and a collection of numerical and graphical tools for method performance assessment. The package allows users to specify their own methods for normalization and classification, in addition to implementing three methods for training data normalization, seven methods for test data normalization, seven methods for classifier training, and two methods for classifier validation. It enables an objective and systemic evaluation of the operating characteristics of normalization and classification methods in microRNA microarrays. To our knowledge, this is the first such tool available. The R package can be downloaded freely at https://github.com/LXQin/PRECISION.array.
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影响因子：
78.5
作者：
Ransohoff, DF
通讯作者：
Ransohoff, DF
影响因子：
46.9
作者：
Noble, William S.
通讯作者：
Noble, William S.
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.8
作者：
Rahman, Mumtahena;Jackson, Laurie K.;Piccolo, Stephen R.
通讯作者：
Piccolo, Stephen R.
DOI：
10.1158/1078-0432.ccr-13-3155
发表时间：
2014-07-01
期刊：
Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
影响因子：
--
作者：
Qin LX;Zhou Q;Bogomolniy F;Villafania L;Olvera N;Cavatore M;Satagopan JM;Begg CB;Levine DA
通讯作者：
Levine DA