Automated RNA tertiary structure prediction from secondary structure and low-resolution restraints.
Automated RNA tertiary structure prediction from secondary structure and low-resolution restraints.
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DOI：
10.1002/jcc.21806
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发表时间：
2011-07-30
影响因子：
3
通讯作者：
Mathews, David H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Seetin, Matthew G.;Mathews, David H.
提出了一种基于约束分子力学和模拟退火的全原子RNA三级结构预测方法。这些约束来自二级结构、共变分析、结中螺旋的同轴堆叠预测，以及可用的交联数据。结果证实了哺乳动物信号识别颗粒RNA的Alu结构域、酿酒酵母苯丙氨酸tRNA、锤头核酶、丙型肝炎病毒内部核糖体进入位点和嗜热四膜虫I组内含子的P4-P6结构域。预测结构从一堆诱饵结构中选择，其得分为最大的旋转半径和基-基接触，经验发现这可以选择更高质量的诱饵。与目前的晶体结构相比，使用均方根偏差和碱基接触的精度，这种简单的从头算方法足以很好地预测rna的结构。
A novel protocol for all-atom RNA tertiary structure prediction is presented that employs restrained molecular mechanics and simulated annealing. The restraints are from secondary structure, co-variation analysis, coaxial stacking predictions for helices in junctions, and, when available, cross-linking data. Results are demonstrated on the Alu domain of the mammalian signal recognition particle RNA, the Saccharomyces cerevisiae phenylalanine tRNA, the hammerhead ribozyme, the hepatitis C virus internal ribosomal entry site, and the P4-P6 domain of the Tetrahymena thermophila group I intron. The predicted structure is selected from a pool of decoy structures with a score that maximizes radius of gyration and base-base contacts, which was empirically found to select higher quality decoys. This simple ab initio approach is sufficient to make good predictions of the structure of RNAs compared to current crystal structures using both root mean square deviation and the accuracy of base-base contacts.
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