Untangling the Complexities of Processing and Analysis for Untargeted LC-MS Data Using Open-Source Tools.
Untangling the Complexities of Processing and Analysis for Untargeted LC-MS Data Using Open-Source Tools.
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DOI：
10.3390/metabo13040463
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发表时间：
2023-03-23
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Cameron DD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Parker EJ;Billane KC;Austen N;Cotton A;George RM;Hopkins D;Lake JA;Pitman JK;Prout JN;Walker HJ;Williams A;Cameron DD
非靶向代谢组学是测量和理解复杂生物化学的有力工具。然而，对于没有经验的用户来说，使用、生物信息学和质谱学(MS)数据的下游分析可能会令人望而生畏。有许多开源和免费使用的数据处理和分析工具，可用于各种非靶向MS方法，包括液相色谱(LC)，但选择“正确的”管道并不直接。本教程结合用户友好的在线指南，介绍了将这些工具连接起来以处理、分析和注释各种未确定目标的MS数据集的工作流程。该工作流程旨在指导探索性分析，以便为有关昂贵且耗时的下游目标MS方法的决策提供信息。我们提供了关于实验设计、数据组织和下游分析的实用建议，并提供了为子孙后代共享和存储有价值的MS数据的细节。工作流程是可编辑的和模块化的，允许灵活地更新/更改方法，并随着用户参与变得更加普遍而提高清晰度和细节。因此，作者欢迎通过在线存储库对工作流程作出贡献和改进。我们相信，这一工作流程将简化复杂的质谱学方法，并将其浓缩成更简单、更易于管理的分析方法，从而为研究人员创造机会，此前他们对难以访问和过于复杂的软件感到气馁。
Untargeted metabolomics is a powerful tool for measuring and understanding complex biological chemistries. However, employment, bioinformatics and downstream analysis of mass spectrometry (MS) data can be daunting for inexperienced users. Numerous open-source and free-to-use data processing and analysis tools exist for various untargeted MS approaches, including liquid chromatography (LC), but choosing the ‘correct’ pipeline isn’t straight-forward. This tutorial, in conjunction with a user-friendly online guide presents a workflow for connecting these tools to process, analyse and annotate various untargeted MS datasets. The workflow is intended to guide exploratory analysis in order to inform decision-making regarding costly and time-consuming downstream targeted MS approaches. We provide practical advice concerning experimental design, organisation of data and downstream analysis, and offer details on sharing and storing valuable MS data for posterity. The workflow is editable and modular, allowing flexibility for updated/changing methodologies and increased clarity and detail as user participation becomes more common. Hence, the authors welcome contributions and improvements to the workflow via the online repository. We believe that this workflow will streamline and condense complex mass-spectrometry approaches into easier, more manageable, analyses thereby generating opportunities for researchers previously discouraged by inaccessible and overly complicated software.
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影响因子：
4.1
作者：
Allwood JW;Williams A;Uthe H;van Dam NM;Mur LAJ;Grant MR;Pétriacq P
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作者：
Rainer J;Vicini A;Salzer L;Stanstrup J;Badia JM;Neumann S;Stravs MA;Verri Hernandes V;Gatto L;Gibb S;Witting M
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