Crystal structure-based virtual screening for fragment-like ligands of the human histamine H(1) receptor.
Crystal structure-based virtual screening for fragment-like ligands of the human histamine H(1) receptor.
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DOI：
10.1021/jm2011589
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发表时间：
2011-12-08
影响因子：
7.3
通讯作者：
Leurs, Rob
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Graaf, Chris;Kooistra, Albert J.;Vischer, Henry F.;Katritch, Vsevolod;Kuijer, Martien;Shiroishi, Mitsunori;Iwata, So;Shimamura, Tatsuro;Stevens, Raymond C.;de Esch, Iwan J. P.;Leurs, Rob
最近可药用A类G蛋白偶联受体（GPCRs）的晶体结构测定为这一药学上重要的蛋白质家族开辟了基于结构的配体发现的绝佳机会。我们已经开发并验证了一个定制的基于结构的虚拟片段筛选方法对最近确定的人类组胺H1受体（H1 R）的晶体结构。该方法结合了分子对接模拟与蛋白质-配体相互作用指纹（IFP）评分方法。优化的计算机筛选方法成功地应用于鉴定一组化学上多样化的新型片段样（≤ 22个重原子）H1 R配体，命中率极高，为73%。在26个测试片段中，19种化合物的亲和力范围为10 μM至6 nM。目前的研究显示了对GPCR晶体结构进行计算机筛选以探索新的片段样GPCR配体空间的潜力。
The recent crystal structure determinations of druggable class A G protein-coupled receptors (GPCRs) has opened up excellent opportunities in structure-based ligand discovery for this pharmaceutically important protein family. We have developed and validated a customized structure-based virtual fragment screening method against the recently determined human histamine H1 receptor (H1R) crystal structure. The method combines molecular docking simulations with a protein-ligand interaction fingerprint (IFP) scoring method. The optimized in silico screening approach was successfully applied to identify a chemically diverse set of novel fragment-like (≤ 22 heavy atoms) H1R ligands with an exceptionally high hit rate of 73%. Of the 26 tested fragments, 19 compounds had affinities ranging from 10 μM to 6 nM. The current study shows the potential of in silico screening against GPCR crystal structures to explore novel, fragment-like GPCR ligand space.
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影响因子：
5
作者：
Bruysters, M;Pertz, HH;Leurs, R
通讯作者：
Leurs, R
影响因子：
3.6
作者：
Edwards, BS;Bologa, C;Oprea, TI
通讯作者：
Oprea, TI
DOI：
10.1124/jpet.106.118869
发表时间：
2007-07-01
影响因子：
3.5
作者：
Bakker, R. A.;Nicholas, M. W.;Weiner, D. M.
通讯作者：
Weiner, D. M.
影响因子：
7.3
作者：
Ferrara, P;Gohlke, H;Brooks, CL
通讯作者：
Brooks, CL
DOI：
10.1006/bbrc.1994.1786
发表时间：
1994-06-15
影响因子：
3.1
作者：
FUKUI, H;FUJIMOTO, K;ITO, S
通讯作者：
ITO, S