Retrieval accuracy, statistical significance and compositional similarity in protein sequence database searches.
Retrieval accuracy, statistical significance and compositional similarity in protein sequence database searches.
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DOI：
10.1093/nar/gkl731
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Altschul SF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yu YK;Gertz EM;Agarwala R;Schäffer AA;Altschul SF
蛋白质序列数据库搜索程序可以评估其检索准确性-区分有意义的机会相似性的能力-以及报告比对的统计评估的准确性。然而，用于提高统计准确性的方法可以通过丢弃序列相关性的组成证据来降低检索准确性。该证据可以通过将比对和组成相似性的基本上独立的测量组合成序列相似性的统一测量来保存。一个版本的BLAST蛋白质数据库搜索程序，修改采用这种新的措施，优于基线程序在检索和统计准确性ASTRAL，一个基于SCOP的测试集。
Protein sequence database search programs may be evaluated both for their retrieval accuracy—the ability to separate meaningful from chance similarities—and for the accuracy of their statistical assessments of reported alignments. However, methods for improving statistical accuracy can degrade retrieval accuracy by discarding compositional evidence of sequence relatedness. This evidence may be preserved by combining essentially independent measures of alignment and compositional similarity into a unified measure of sequence similarity. A version of the BLAST protein database search program, modified to employ this new measure, outperforms the baseline program in both retrieval and statistical accuracy on ASTRAL, a SCOP-based test set.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
DOI：
10.1016/s0097-8485(96)80004-0
发表时间：
1996-03-01
期刊：
COMPUTERS & CHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
Gribskov, M;Robinson, NL
通讯作者：
Robinson, NL
影响因子：
14.9
作者：
Chandonia, JM;Walker, NS;Brenner, SE
通讯作者：
Brenner, SE
DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
影响因子：
11.1
作者：
PEARSON, WR;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ
影响因子：
5.8
作者：
Karplus, K;Barrett, C;Hughey, R
通讯作者：
Hughey, R