The bioinformatics toolbox for circRNA discovery and analysis.
The bioinformatics toolbox for circRNA discovery and analysis.
复制标题
用于 circRNA 发现和分析的生物信息学工具箱
DOI：
10.1093/bib/bbaa001
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发表时间：
2021-03-22
影响因子：
9.5
通讯作者：
Wong G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen L;Wang C;Sun H;Wang J;Liang Y;Wang Y;Wong G
环状RNA （circRNAs）是一类独特的RNA分子，在40多年前被发现，它是通过线性RNA的反剪接共价连锁产生的。测序技术和生物信息学工具的最新进展直接导致circrna的类型和生物学功能领域不断扩大。在技术发展的同时，circrna的实际应用也出现了，包括它们被用作人类疾病的生物标志物。目前，circRNA相关的生物信息学工具可以支持circRNA注释、circRNA鉴定和竞争内源RNA （ceRNA）的网络分析等项目。在这篇综述中，我们收集了大约100个circrna相关的生物信息学工具，并总结了它们目前的属性和功能。我们还对circRNA工具出版物进行了网络分析和文本挖掘，以揭示其持续发展的趋势。
Abstract Circular RNAs (circRNAs) are a unique class of RNA molecule identified more than 40 years ago which are produced by a covalent linkage via back-splicing of linear RNA. Recent advances in sequencing technologies and bioinformatics tools have led directly to an ever-expanding field of types and biological functions of circRNAs. In parallel with technological developments, practical applications of circRNAs have arisen including their utilization as biomarkers of human disease. Currently, circRNA-associated bioinformatics tools can support projects including circRNA annotation, circRNA identification and network analysis of competing endogenous RNA (ceRNA). In this review, we collected about 100 circRNA-associated bioinformatics tools and summarized their current attributes and capabilities. We also performed network analysis and text mining on circRNA tool publications in order to reveal trends in their ongoing development.
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