Experimental design and quantitative analysis of microbial community multiomics.
Experimental design and quantitative analysis of microbial community multiomics.
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DOI：
10.1186/s13059-017-1359-z
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发表时间：
2017-11-30
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Huttenhower C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mallick H;Ma S;Franzosa EA;Vatanen T;Morgan XC;Huttenhower C
微生物组的研究变得越来越复杂，针对群体规模的微生物组概况，存在多种基于序列的分子方法以及基于培养的方法。为了将所得的宿主和微生物数据类型与人类健康联系起来，必须解决一些实验设计考虑因素、数据分析挑战和统计流行病学方法。在这里，我们调查了当前微生物组分子流行病学实验设计的最佳实践，包括生成、分析和整合微生物组多组学数据的技术。我们重点介绍了已确定影响人类健康的分子生物活性物质的研究，并建议将转化微生物组研究扩展到大规模人群的高通量目标发现的步骤。
Studies of the microbiome have become increasingly sophisticated, and multiple sequence-based, molecular methods as well as culture-based methods exist for population-scale microbiome profiles. To link the resulting host and microbial data types to human health, several experimental design considerations, data analysis challenges, and statistical epidemiological approaches must be addressed. Here, we survey current best practices for experimental design in microbiome molecular epidemiology, including technologies for generating, analyzing, and integrating microbiome multiomics data. We highlight studies that have identified molecular bioactives that influence human health, and we suggest steps for scaling translational microbiome research to high-throughput target discovery across large populations.
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影响因子：
6.4
作者：
Bokulich, Nicholas A.;Rideout, Jai Ram;Caporaso, J. Gregory
通讯作者：
Caporaso, J. Gregory
影响因子：
4.2
作者：
Brooks JP;Edwards DJ;Harwich MD Jr;Rivera MC;Fettweis JM;Serrano MG;Reris RA;Sheth NU;Huang B;Girerd P;Vaginal Microbiome Consortium;Strauss JF 3rd;Jefferson KK;Buck GA
通讯作者：
Buck GA
影响因子：
48
作者：
Callahan BJ;McMurdie PJ;Rosen MJ;Han AW;Johnson AJ;Holmes SP
通讯作者：
Holmes SP
影响因子：
3.7
作者：
Bose T;Haque MM;Reddy C;Mande SS
通讯作者：
Mande SS
影响因子：
64.8
作者：
Arumugam, Manimozhiyan;Raes, Jeroen;Pelletier, Eric;Le Paslier, Denis;Yamada, Takuji;Mende, Daniel R.;Fernandes, Gabriel R.;Tap, Julien;Bruls, Thomas;Batto, Jean-Michel;Bertalan, Marcelo;Borruel, Natalia;Casellas, Francesc;Fernandez, Leyden;Gautier, Laurent;Hansen, Torben;Hattori, Masahira;Hayashi, Tetsuya;Kleerebezem, Michiel;Kurokawa, Ken;Leclerc, Marion;Levenez, Florence;Manichanh, Chaysavanh;Nielsen, H. Bjorn;Nielsen, Trine;Pons, Nicolas;Poulain, Julie;Qin, Junjie;Sicheritz-Ponten, Thomas;Tims, Sebastian;Torrents, David;Ugarte, Edgardo;Zoetendal, Erwin G.;Wang, Jun;Guarner, Francisco;Pedersen, Oluf;de Vos, Willem M.;Brunak, Soren;Dore, Joel;Weissenbach, Jean;Ehrlich, S. Dusko;Bork, Peer
通讯作者：
Bork, Peer