Revealing long noncoding RNA architecture and functions using domain-specific chromatin isolation by RNA purification.
Revealing long noncoding RNA architecture and functions using domain-specific chromatin isolation by RNA purification.
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DOI：
10.1038/nbt.2943
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发表时间：
2014-09
影响因子：
46.9
通讯作者：
Chang, Howard Y.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Quinn, Jeffrey J.;Ilik, Ibrahim A.;Qu, Kun;Georgiev, Plamen;Chu, Ci;Alchtar, Asifa;Chang, Howard Y.
对长RNA分子的功能结构域结构知之甚少，主要是因为在结构域水平上分析RNA功能的合适方法相对缺乏。在这里，我们描述了通过RNA纯化的结构域特异性染色质分离（dChIRP），这是一种可扩展的技术，用于解剖活细胞中成对的RNA-RNA，RNA-蛋白质和RNA-染色质相互作用。roX 1的dChIRP是果蝇X染色体剂量补偿所必需的lncRNA，揭示了“三指手”核糖核蛋白拓扑结构。每个RNA指结合染色质和雄性特异性致死（MSL）蛋白复合物，并且可以单独地拯救roX无效果蝇中的雄性致死，从而定义用于染色体范围剂量补偿的最小RNA结构域。相对于先前的技术，dChIRP将RNA基因组定位信号提高了>20倍，并且这些结合位点与染色体构象数据相关，表明大多数roX结合的基因座聚集在核区域中。这些结果表明dChIRP可以以新的精度和灵敏度揭示lncRNA的结构和功能。
Little is known about the functional domain architecture of long RNA molecules, mainly because of a relative paucity of suitable methods to analyze RNA function at a domain level. Here we describe domain-specific chromatin isolation by RNA purification (dChIRP), a scalable technique to dissect pairwise RNA-RNA, RNA-protein, and RNA-chromatin interactions in living cells. dChIRP of roX1, a lncRNA essential for Drosophila X-chromosome dosage compensation, reveals a “three-fingered hand” ribonucleoprotein topology. Each RNA finger binds chromatin and the Male-Specific Lethal (MSL) protein complex, and can individually rescue male lethality in roX-null flies, thus defining a minimal RNA domain for chromosome-wide dosage compensation. dChIRP improves RNA genomic localization signal by >20-fold relative to previous techniques, and these binding sites are correlated with chromosome conformation data, indicating that most roX-bound loci cluster in a nuclear territory. These results suggest dChIRP can reveal lncRNA architecture and function with new precision and sensitivity.
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