Detecting RNA base methylations in single cells by in situ hybridization.
Detecting RNA base methylations in single cells by in situ hybridization.
复制标题
DOI：
10.1038/s41467-017-02714-7
复制
发表时间：
2018-02-13
影响因子：
16.6
通讯作者：
Klenerman D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ranasinghe RT;Challand MR;Ganzinger KA;Lewis BW;Softley C;Schmied WH;Horrocks MH;Shivji N;Chin JW;Spencer J;Klenerman D
tRNA、rRNA和mRNA中的甲基化碱基控制着多种细胞过程，包括蛋白质合成、抗菌素耐药性和基因表达。目前，报告约104-107个细胞平均甲基化状态的批量方法用于检测这些修饰，掩盖了潜在的重要生物学信息。在这里，我们使用分子信标的原位杂交单细胞检测三种甲基化（m62A， m1G和m3U），这些甲基化会破坏沃森-克里克碱基对的稳定性。我们的方法-甲基化敏感RNA荧光原位杂交-检测rRNA的单甲基化，定量细胞混合物中的抗生素耐药细菌，同时使用多色荧光成像检测多重甲基化。甲基化的RNA碱基影响许多生命过程，但目前的检测方法缺乏检测单个细胞中个体甲基化的能力。在这里，作者使用对甲基化敏感的荧光杂交探针来检测单细胞水平上的特异性外转录组修饰。
Methylated bases in tRNA, rRNA and mRNA control a variety of cellular processes, including protein synthesis, antimicrobial resistance and gene expression. Currently, bulk methods that report the average methylation state of ~104–107 cells are used to detect these modifications, obscuring potentially important biological information. Here, we use in situ hybridization of Molecular Beacons for single-cell detection of three methylations (m62A, m1G and m3U) that destabilize Watson–Crick base pairs. Our method—methylation-sensitive RNA fluorescence in situ hybridization—detects single methylations of rRNA, quantifies antibiotic-resistant bacteria in mixtures of cells and simultaneously detects multiple methylations using multicolor fluorescence imaging. Methylated RNA bases influence many life processes, but current detection methods lack the ability to detect individual methylations in single cells. Here, the authors use fluorescence hybridization probes sensitive to methylation to detect specific epitranscriptomic modifications at the single-cell level.
登录
查看更多内容
严格控制核糖体依赖性激活。
影响因子：
64.8
作者：
Brown A;Fernández IS;Gordiyenko Y;Ramakrishnan V
通讯作者：
Ramakrishnan V
DOI：
10.1038/newbio233012a0
发表时间：
1971-01-01
期刊：
NATURE-NEW BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
HELSER, TL;DAVIES, JE;DAHLBERG, JE
通讯作者：
DAHLBERG, JE
通过小鼠和人 FTO 对单链 DNA 和 RNA 中的 3-甲基胸腺嘧啶和 3-甲基尿嘧啶进行氧化去甲基化。
影响因子：
3.5
作者：
Jia, Guifang;Yang, Cai-Guang;Yang, Shangdong;Jian, Xing;Yi, Chengqi;Zhou, Zhiqiang;He, Chuan
通讯作者：
He, Chuan
大肠杆菌K-12的构造框架，单基因敲除突变体：Keio Collection。
影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.5
作者：
Meyer KD;Saletore Y;Zumbo P;Elemento O;Mason CE;Jaffrey SR
通讯作者：
Jaffrey SR