Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3' UTRs and near stop codons.
Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3' UTRs and near stop codons.
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DOI：
10.1016/j.cell.2012.05.003
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发表时间：
2012-06-22
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Jaffrey SR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meyer KD;Saletore Y;Zumbo P;Elemento O;Mason CE;Jaffrey SR
腺苷的N6位置甲基化（m6A）是一种RNA转录后修饰，其普遍性和生理相关性鲜为人知。最近发现，肥胖风险基因FTO编码一种m6A去甲基化酶，这表明m6A是生理过程的重要调节因子。在此我们提出一种全转录组m6A定位方法，该方法将m6A特异性甲基化RNA免疫沉淀与新一代测序技术（MeRIP - Seq）相结合。我们利用这种方法鉴定出7676个含m6A的哺乳动物基因的mRNA，这表明m6A是mRNA常见的碱基修饰。m6A修饰呈现组织特异性调控，并且在大脑发育过程中显著增加。我们发现m6A位点在终止密码子附近和3'非翻译区（3' UTRs）富集，并且我们揭示了3' UTRs内m6A残基与微小RNA结合位点之间的关联。这些发现为鉴定作为腺苷甲基化底物的转录本提供了资源，并揭示了对哺乳动物转录组表观遗传调控的深入了解。
Methylation of the N6 position of adenosine (m6A) is a post-transcriptional modification of RNA whose prevalence and physiological relevance is poorly understood. The recent discovery that FTO, an obesity risk gene, encodes an m6A demethylase implicates m6A as an important regulator of physiological processes. Here we present a method for transcriptome-wide m6A localization, which combines m6A-specific methylated RNA immunoprecipitation with next-generation sequencing (MeRIP-Seq). We use this method to identify mRNAs of 7,676 mammalian genes that contain m6A, indicating that m6A is a common base modification of mRNA. The m6A modification exhibits tissue-specific regulation and is markedly increased throughout brain development. We find that m6A sites are enriched near stop codons and in 3' UTRs, and we uncover an association between m6A residues and microRNA binding sites within 3' UTRs. These findings provide a resource for identifying transcripts that are substrates for adenosine methylation and reveal insights into the epigenetic regulation of the mammalian transcriptome.
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