FreeContact: fast and free software for protein contact prediction from residue co-evolution.
FreeContact: fast and free software for protein contact prediction from residue co-evolution.
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DOI：
10.1186/1471-2105-15-85
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发表时间：
2014-03-26
影响因子：
3
通讯作者：
Rost B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kaján L;Hopf TA;Kalaš M;Marks DS;Rost B
20年的技术改进和不断增长的序列现在通过相关突变使大蛋白质家族中的残基-残基接触约束足够精确，以驱动蛋白质三维结构的从头预测。方法EVfold使用平均场直接耦合分析（EVfold-mfDCA）开辟了新天地;方法PSICOV通过估计稀疏逆协方差矩阵应用相关概念。这两种方法（EVfold-mfDCA和PSICOV）都是公开可用的，但对于交互式应用程序来说，这两种方法都需要太多的CPU时间。最重要的是，EVfold-mfDCA依赖于专有软件。在这里，我们介绍FreeContact，一个快速的，开源的EVfold-mfDCA和PSICOV实现。在140种蛋白质的测试集上，FreeContact的速度几乎是PSICOV的8倍，而不会降低预测性能。FreeContact的EVfold-mfDCA实现比PSICOV快220倍以上，性能下降可忽略不计。由于EVfold-mfDCA依赖于专有软件，因此无法进行测试。FreeContact是作为免费的C++库"libfreecontact"实现的，带有命令行工具"freecontact"，以及Perl和Python模块。所有组件都可以作为Debian软件包使用。FreeContact支持BioXSD格式以实现互操作性。FreeContact提供了在任何环境（桌面或云）中计算可靠联系人预测的机会。
20 years of improved technology and growing sequences now renders residue-residue contact constraints in large protein families through correlated mutations accurate enough to drive de novo predictions of protein three-dimensional structure. The method EVfold broke new ground using mean-field Direct Coupling Analysis (EVfold-mfDCA); the method PSICOV applied a related concept by estimating a sparse inverse covariance matrix. Both methods (EVfold-mfDCA and PSICOV) are publicly available, but both require too much CPU time for interactive applications. On top, EVfold-mfDCA depends on proprietary software. Here, we present FreeContact, a fast, open source implementation of EVfold-mfDCA and PSICOV. On a test set of 140 proteins, FreeContact was almost eight times faster than PSICOV without decreasing prediction performance. The EVfold-mfDCA implementation of FreeContact was over 220 times faster than PSICOV with negligible performance decrease. EVfold-mfDCA was unavailable for testing due to its dependency on proprietary software. FreeContact is implemented as the free C++ library “libfreecontact”, complete with command line tool “freecontact”, as well as Perl and Python modules. All components are available as Debian packages. FreeContact supports the BioXSD format for interoperability. FreeContact provides the opportunity to compute reliable contact predictions in any environment (desktop or cloud).
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影响因子：
64.5
作者：
Hopf TA;Colwell LJ;Sheridan R;Rost B;Sander C;Marks DS
通讯作者：
Marks DS
DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
2.4
作者：
Ekeberg, Magnus;Lovkvist, Cecilia;Aurell, Erik
通讯作者：
Aurell, Erik
DOI：
10.1073/pnas.1111471108
发表时间：
2011-12-06
影响因子：
11.1
作者：
Morcos, Faruck;Pagnani, Andrea;Weigt, Martin
通讯作者：
Weigt, Martin
影响因子：
5.8
作者：
Kalas, Matus;Puntervoll, Pal;Jonassen, Inge
通讯作者：
Jonassen, Inge