Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups.
Phylogenomics reshuffles the eukaryotic supergroups.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0000790
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发表时间：
2007-08-29
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Pawlowski J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burki F;Shalchian-Tabrizi K;Minge M;Skjaeveland A;Nikolaev SI;Jakobsen KS;Pawlowski J
解决真核生物之间的系统发育关系是进化生物学的一个持续挑战。近年来，分子数据的积累导致了一个新的进化理解，其中所有真核生物的多样性已被分为五个或六个超组。然而，这些大型组合的组成和它们之间的关系仍然存在争议。在这里，我们报告的表达序列标签（EST）的测序属于超级组Rhizaria的两个物种，并提出了一个独特的数据集相结合的29908个氨基酸的位置和广泛的分类群抽样49个主要单细胞物种代表所有超级组的分析。我们的研究结果表明，一个非常强大的关系之间的Rhizaria和两个主要的分支的超组chromalveolates：stratigriles和alveolates。我们确认存在一致的亲和力组合，被认为是属于不同的超类群的真核生物，从而不共享一个密切的进化历史。这一得到充分支持的进化发生学对我们理解真核生物的进化历史具有重要意义。特别是，它质疑一个单一的红藻起源的叶绿素-c含有质体之间的chromalveolates。我们建议缩写的名称“SAR”（Straveliles +Alveolates+Rhizaria），以适应这个新的超级组合的真核生物，其中包括最大的单细胞真核生物的多样性。
Resolving the phylogenetic relationships between eukaryotes is an ongoing challenge of evolutionary biology. In recent years, the accumulation of molecular data led to a new evolutionary understanding, in which all eukaryotic diversity has been classified into five or six supergroups. Yet, the composition of these large assemblages and their relationships remain controversial. Here, we report the sequencing of expressed sequence tags (ESTs) for two species belonging to the supergroup Rhizaria and present the analysis of a unique dataset combining 29908 amino acid positions and an extensive taxa sampling made of 49 mainly unicellular species representative of all supergroups. Our results show a very robust relationship between Rhizaria and two main clades of the supergroup chromalveolates: stramenopiles and alveolates. We confirm the existence of consistent affinities between assemblages that were thought to belong to different supergroups of eukaryotes, thus not sharing a close evolutionary history. This well supported phylogeny has important consequences for our understanding of the evolutionary history of eukaryotes. In particular, it questions a single red algal origin of the chlorophyll-c containing plastids among the chromalveolates. We propose the abbreviated name ‘SAR’ (Stramenopiles+Alveolates+Rhizaria) to accommodate this new super assemblage of eukaryotes, which comprises the largest diversity of unicellular eukaryotes.
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影响因子：
10.7
作者：
Burki, Fabien;Pawlowski, Jan
通讯作者：
Pawlowski, Jan
DOI：
10.1099/00207713-52-2-297
发表时间：
2002-03-01
影响因子：
2.8
作者：
Cavalier-Smith, T
通讯作者：
Cavalier-Smith, T
影响因子：
2.2
作者：
Adl, SM;Simpson, AGB;Taylor, MFJR
通讯作者：
Taylor, MFJR
DOI：
10.1099/ijs.0.63216-0
发表时间：
2005-01-01
影响因子：
2.8
作者：
Harper, JT;Waanders, E;Keeling, PJ
通讯作者：
Keeling, PJ
影响因子：
2.2
作者：
Cavalier-Smith, T
通讯作者：
Cavalier-Smith, T