Automatic mosaicking and volume assembly for high-throughput serial-section transmission electron microscopy.
Automatic mosaicking and volume assembly for high-throughput serial-section transmission electron microscopy.
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DOI：
10.1016/j.jneumeth.2010.08.001
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发表时间：
2010-10-30
影响因子：
3
通讯作者：
Marc, Robert E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tasdizen, Tolga;Koshevoy, Pavel;Grimm, Bradley C.;Anderson, James R.;Jones, Bryan W.;Watt, Carl B.;Whitaker, Ross T.;Marc, Robert E.
我们描述了一种计算效率高、鲁棒性强的全自动大规模电子显微镜图像配准方法。所提出的方法能够从数千个未知或不确定位置的较小的重叠瓷砖构建大型图像马赛克，并将来自串行切片捕获的部分对齐到一个共同的坐标系中。该方法还考虑了构造截面和对齐截面时的非线性变形。底层算法是基于傅立叶移位特性，允许计算效率和鲁棒的方法。我们在两个电子显微镜数据集上展示了结果。我们还通过模拟图像捕获实验量化了算法的准确性。公开可用的软件工具包括算法和易于访问算法的图形用户界面。
We describe a computationally efficient and robust fully-automatic method for large-scale electron microscopy image registration. The proposed method is able to construct large image mosaics from thousands of smaller, overlapping tiles with unknown or uncertain positions, and to align sections from a serial section capture into a common coordinate system. The method also accounts for nonlinear deformations both in constructing sections and in aligning sections to each other. The underlying algorithms are based on the Fourier shift property which allows for a computationally efficient and robust method. We demonstrate results on two electron microscopy datasets. We also quantify the accuracy of the algorithm through a simulated image capture experiment. The publicly available software tools include the algorithms and a Graphical User Interface for easy access to the algorithms.
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DOI：
10.1098/rstb.2002.1254
发表时间：
2003-04-29
影响因子：
6.3
作者：
Harris, KM;Fiala, JC;Ostroff, L
通讯作者：
Ostroff, L
DOI：
10.1016/s0734-189x(89)80014-3
发表时间：
1989-04-01
期刊：
COMPUTER VISION GRAPHICS AND IMAGE PROCESSING
影响因子：
--
作者：
BAJCSY, R;KOVACIC, S
通讯作者：
KOVACIC, S
影响因子：
10.6
作者：
Christensen, GE;Rabbitt, RD;Miller, MI
通讯作者：
Miller, MI
影响因子：
10.6
作者：
CARLBOM, I;TERZOPOULOS, D;HARRIS, KM
通讯作者：
HARRIS, KM
影响因子：
9.8
作者：
Anderson JR;Jones BW;Yang JH;Shaw MV;Watt CB;Koshevoy P;Spaltenstein J;Jurrus E;U V K;Whitaker RT;Mastronarde D;Tasdizen T;Marc RE
通讯作者：
Marc RE