Proteome Bioinformatics Methods for Studying Histidine Phosphorylation.
Proteome Bioinformatics Methods for Studying Histidine Phosphorylation.
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研究组氨酸磷酸化的蛋白质组生物信息学方法。
DOI：
10.1007/978-1-4939-9884-5_16
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Jones AR
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Jones AR
在这一章中，我们介绍了与研究组氨酸磷酸化（pHis）的LC-MS/MS的生物信息学方法。我们描述了从MS仪器转换和预处理原始数据的方法，对序列数据库搜索MS数据的方法和评分与本地化的肽序列上的修饰位点的置信度。我们还描述了一旦鉴定出一组含pH的蛋白质以理解修饰蛋白质的推定功能，就进行途径富集的方法。有几种方法运行起来相对简单，但需要一些理论知识来优化参数并正确解释输出。我们还描述了一些理论基础的统计考虑，以帮助正确使用和解释这些生物信息学方法。
In this chapter, we introduce the bioinformatics methods associated with studying histidine phosphorylation (pHis) by LC-MS/MS. We describe methods for converting and preprocessing raw data from MS instruments, the method of searching MS data against a sequence database and scoring the confidence associated with localizing the modification site on the peptide sequence. We also describe methods for performing pathway enrichment once a set of pHis-containing proteins have been identified to understand the putative functions of modified proteins. Several of the methods are relatively straightforward to run but require some theoretical knowledge to optimize parameters and correctly interpret outputs. We also describe some of the theory underpinning statistical considerations, to assist correct usage and interpretation of these bioinformatics methods.
phpMs：基于 PHP 的质谱实用程序库。
影响因子：
4.4
作者：
Collins A
通讯作者：
Collins A