phpMs: A PHP-Based Mass Spectrometry Utilities Library.
phpMs: A PHP-Based Mass Spectrometry Utilities Library.
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phpMs：基于 PHP 的质谱实用程序库。
DOI：
10.1021/acs.jproteome.7b00783
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发表时间：
2018
影响因子：
4.4
通讯作者：
Collins A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Collins A
最近云计算、高吞吐量网络以及更通用的 Web 标准和浏览器的建立引起了人们对基于 Web 的应用程序的新兴趣。虽然传统上大数据一直是优化桌面和服务器应用程序的领域，但现在可以在云存储和计算提供商中存储大量数据并异地执行必要的计算，并通过网络浏览器在高质量的跨平台界面中可视化结果。有许多新兴平台可用于基于云的质谱数据分析；然而，Web 开发人员可以访问的预先存在的代码有限，特别是对于那些受限于共享托管环境的开发人员，在该环境中，托管提供商通常禁止使用 Java 和 C 应用程序。为了解决这个问题，我们为最常用的 Web 开发语言之一 PHP 提供了一个开源质谱库。我们的新库 phpMs 提供用于存储和操作光谱和识别数据的对象以及用于文件读取、文件写入、计算、肽片段化和蛋白质消化的实用程序以及用于控制搜索引擎的软件界面。我们在 http://pgb.liv.ac.uk/phpMs 上提供了一些功能的工作演示。
The recent establishment of cloud computing, high-throughput networking, and more versatile web standards and browsers has led to a renewed interest in web-based applications. While traditionally big data has been the domain of optimized desktop and server applications, it is now possible to store vast amounts of data and perform the necessary calculations offsite in cloud storage and computing providers, with the results visualized in a high-quality cross-platform interface via a web browser. There are number of emerging platforms for cloud-based mass spectrometry data analysis; however, there is limited pre-existing code accessible to web developers, especially for those that are constrained to a shared hosting environment where Java and C applications are often forbidden from use by the hosting provider. To remedy this, we provide an open-source mass spectrometry library for one of the most commonly used web development languages, PHP. Our new library, phpMs, provides objects for storing and manipulating spectra and identification data as well as utilities for file reading, file writing, calculations, peptide fragmentation, and protein digestion as well as a software interface for controlling search engines. We provide a working demonstration of some of the capabilities at http://pgb.liv.ac.uk/phpMs.
proBAM 和 proBed 标准格式：实现基因组学和蛋白质组学数据的无缝集成
DOI：
10.1101/152579
发表时间：
2017
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
Menschaert G
通讯作者：
Menschaert G
影响因子：
3.4
作者：
Reisinger, Florian;Krishna, Ritesh;Ghali, Fawaz;Rios, Daniel;Hermjakob, Henning;Vizcaino, Juan Antonio;Jones, Andrew R.
通讯作者：
Jones, Andrew R.
影响因子：
7
作者：
Kent, WJ;Sugnet, CW;Haussler, D
通讯作者：
Haussler, D