Role of Non-local Interactions between CDR Loops in Binding Affinity of MR78 Antibody to Marburg Virus Glycoprotein.
Role of Non-local Interactions between CDR Loops in Binding Affinity of MR78 Antibody to Marburg Virus Glycoprotein.
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DOI：
10.1016/j.str.2017.10.005
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发表时间：
2017-12-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Meiler J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sangha AK;Dong J;Williamson L;Hashiguchi T;Saphire EO;Crowe JE Jr;Meiler J
使用 Phenix.Rosetta 从 3.6Å 晶体密度图开始，构建了马尔堡病毒糖蛋白与中和人单克隆抗体（称为 MR78）复合物的原子细节模型。 HCDR3 凸出的躯干中 T6 处的天冬氨酸无法形成规范的盐桥，因为位置 T2 缺少精氨酸或赖氨酸残基。相反，它与 HCDR1 环贡献的 Tyr 发生氢键相互作用。这种 CDR 环之间的相互作用稳定了与病毒糖蛋白结合所需的凸出构象：Tyr 与 Phe 突变体显示出的结合亲和力降低了至少 10 倍。我们发现，4.65 亿条人类抗体序列数据库中的 5% 在 HCDR3 中的 T2 和 T6 位置以及 HCDR1 中的 Tyr 具有相同的残基，可能形成这种 Asp-Tyr 相互作用，并且这种相互作用可能会导致非规范的凸出构象。躯干构造。僧伽等人。发现与马尔堡病毒糖蛋白结合的人抗体 MR78 HCDR3 环的构象通过 HCDR3 的 T6 位点的 Asp 和 HCDR1 的 Tyr 之间的非局部氢键来稳定。
An atomic-detail model of the Marburg virus glycoprotein in complex with a neutralizing human monoclonal antibody designated MR78 was constructed using Phenix.Rosetta starting from a 3.6Å crystallographic density map. The Asp at T6 in the HCDR3’s bulged torso cannot form the canonical salt bridge as position T2 lacks an Arg or Lys residue. It instead engages in a hydrogen bond interaction with a Tyr contributed by the HCDR1 loop. This inter-CDR loop interaction stabilizes the bulged conformation needed for binding to the viral glycoprotein: a Tyr to Phe mutant displays a binding affinity reduced by a factor of at least 10. We found that 5% of a database of 465 million human antibody sequences has the same residues at T2 and T6 positions in HCDR3 and Tyr in HCDR1 that could potentially form this Asp-Tyr interaction and that this interaction might contribute to a non-canonical bulged torso conformation. Sangha et al. have discovered that the conformation of the human antibody MR78 HCDR3 loop that binds to Marburg virus glycoprotein is stabilized by a non-local hydrogen bond between an Asp at T6 position of HCDR3 and a Tyr in HCDR1.
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影响因子：
2.9
作者：
Kaufmann, Kristian W.;Lemmon, Gordon H.;DeLuca, Samuel L.;Sheehan, Jonathan H.;Meiler, Jens
通讯作者：
Meiler, Jens
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
DOI：
10.1073/pnas.90.21.10310
发表时间：
1993-11-01
影响因子：
11.1
作者：
JEFFREY, PD;STRONG, RK;SHERIFF, S
通讯作者：
SHERIFF, S
DOI：
10.1107/s0907444909052925
发表时间：
2010-02
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Adams PD;Afonine PV;Bunkóczi G;Chen VB;Davis IW;Echols N;Headd JJ;Hung LW;Kapral GJ;Grosse-Kunstleve RW;McCoy AJ;Moriarty NW;Oeffner R;Read RJ;Richardson DC;Richardson JS;Terwilliger TC;Zwart PH
通讯作者：
Zwart PH
影响因子：
14.9
作者：
Sircar A;Kim ET;Gray JJ
通讯作者：
Gray JJ